未经批准占用一般耕地建库房，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门和农业农村主管部门管辖。具体分析如下：
一、法律依据与部门职责
根据《土地管理法》第七十五条的规定，违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 自然资源主管部门：负责土地资源的规划、管理、保护和监督等工作，对于未经批准占用耕地建库房的行为，有权进行查处，并责令限期改正或治理。
- 农业农村主管部门：同样承担着耕地保护的重要职责，对于乱占耕地建房等行为，也有权进行查处。
二、不同情形下的查处主体
在乡镇、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按照乡村建设规划许可证规定进行建设的：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条的规定，此类行为由乡、镇人民政府依法查处。
农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十八条的规定，此类行为由县级以上人民政府农业农村主管部门依法查处。但需注意，若在宅基地以外建住宅，且不属于乡镇、村庄规划区内的，可能仍由自然资源主管部门查处。
其他情形的乱占耕地建房行为：
- 通常由县级以上人民政府自然资源主管部门依照相关法律法规进行查处。
三、法律后果
- 行政责任：对于未经批准占用一般耕地建库房的行为，相关部门有权责令限期改正或治理，并可以并处罚款。
- 刑事责任：若构成犯罪，如非法占用农用地罪，将依法追究刑事责任，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
四、建议与措施
- 立即停止违法行为：若已存在未经批准占用一般耕地建库房的行为，应立即停止，并主动与相关部门沟通，寻求合法解决方案。
- 补办审批手续：若符合相关规划条件，可尝试补办审批手续，使库房建设合法化。
- 咨询专业律师：在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到妥善保护。
如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。