关于“三无船被查员工是否有责任”的问题，需要分情况讨论，核心结论如下：
员工是否知情或参与“三无船”的运营
- 若员工完全不知情：例如，员工仅是普通船员，对船舶无证、无照、无合法手续的情况并不知晓，且未参与任何违法操作，那么员工通常不承担直接责任。责任应由船舶的所有者、管理者或实际控制人承担。
- 若员工知情并参与：例如，员工明知船舶无证、无照仍参与运营，或负责船舶的某些违法操作（如非法捕捞、运输违禁品等），那么员工可能因共同违法而承担责任。责任的大小取决于员工在违法行为中的具体作用和参与程度。
员工在“三无船”被查事件中的角色
- 普通员工角色：如果员工只是执行上级命令，且命令内容不涉及明显违法，员工可能不承担主要责任。但若员工明知命令违法仍执行，则可能构成共同违法。
- 管理或决策角色：如果员工在“三无船”的运营中担任管理或决策职务，如船长、大副等，且对船舶的违法状态负有直接管理责任，那么员工将承担更重的法律责任。
法律后果与责任承担
- 行政责任：对于“三无船”的违法运营，相关部门可能对船舶进行扣押、罚款等行政处罚。若员工被认定为责任人之一，可能面临相应的行政处罚。
- 刑事责任：如果“三无船”的运营涉及更严重的违法行为，如走私、贩毒等，相关责任人可能面临刑事指控。员工是否承担刑事责任，取决于其在违法行为中的具体作用和证据情况。
法律建议：
- 对于员工而言，如果发现自己所在的船舶存在“三无”情况，应立即向相关部门报告，并避免参与任何违法操作。
- 如果员工因“三无船”被查而面临法律责任，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
- 船舶的所有者、管理者应确保船舶的合法运营，避免使用“三无船”进行任何活动，以减少法律风险。
可能涉及的法律条款：
- 虽然具体法律条款可能因地区和案件性质而异，但一般来说，涉及“三无船”的违法运营可能违反《海上交通安全法》、《渔业法》等相关法律法规。
- 如果“三无船”的运营涉及更严重的犯罪行为，如走私、贩毒等，则可能触犯《刑法》的相关规定。
总结：员工是否因“三无船”被查而承担责任，取决于其在船舶运营中的角色、知情程度以及参与违法操作的情况。建议员工在遇到此类情况时，及时咨询专业律师，以了解自己的法律地位和可能的法律后果。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。