将有版权的系统改改源码并申请为自己的著作权是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一、侵犯著作权

1. 定义：著作权是作者对其创作的文学、艺术和科学作品享有的专有权利。这包括复制权、发行权、修改权、保护作品完整权等多项权利。

2. 法律规定：根据《中华人民共和国著作权法》的相关规定，未经著作权人许可，擅自修改、复制、发行其作品，或者以其他方式侵犯著作权人权利的行为，均构成侵权。具体来说，如果修改后的源码仍然保留了原作品的核心表达或结构，且这种修改并未达到形成新作品的程度，那么这种行为就可能构成对原作品著作权的侵犯。

3. 行为分析：将有版权的系统源码进行修改，并试图将其申请为自己的著作权，这种行为很可能侵犯了原著作权人的修改权和保护作品完整权。即使修改后的源码在某些方面与原作品有所不同，但如果这种修改并未改变原作品的基本表达或结构，那么仍然可能构成侵权。

二、可能构成不正当竞争

1. 定义：不正当竞争是指经营者违反法律规定，损害其他经营者合法权益，扰乱社会经济秩序的行为。

2. 法律规定：根据《中华人民共和国反不正当竞争法》的相关规定，经营者不得实施混淆行为，引人误认为是他人商品或者与他人存在特定联系。如果修改后的源码被用于商业目的，且这种修改导致消费者误认为该源码是原著作权人的新作品或与原著作权人有关联，那么这种行为就可能构成不正当竞争。

3. 行为分析：在商业环境中，如果修改后的源码被用于开发类似的产品或服务，且这种修改并未形成新的、具有独创性的作品，那么这种行为就可能误导消费者，损害原著作权人的商业利益，从而构成不正当竞争。

三、法律责任与后果

1. 民事责任：侵犯著作权的行为人可能需要承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。这包括赔偿原著作权人因侵权行为所遭受的经济损失，以及支付因维权所产生的合理费用。

2. 行政责任：著作权行政管理部门可以对侵犯著作权的行为进行查处，给予罚款、没收违法所得等行政处罚。这些处罚措施旨在维护市场秩序，保护著作权人的合法权益。

3. 刑事责任：在严重的情况下，侵犯著作权的行为可能构成犯罪，行为人需要承担刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，侵犯著作权罪是指以营利为目的，未经著作权人许可，复制发行其文字作品、音乐、电影、电视、录像作品、计算机软件及其他的作品，或者出版他人享有专有出版权的图书，或者未经录音录像制作者许可，复制发行其制作的录音录像，或者制作、出售假冒他人署名的美术作品，违法所得数额较大或者有其他严重情节的行为。

建议与提醒：

• 尊重他人的著作权，不要擅自修改、复制、发行他人的作品。
• 如果需要进行软件修改或开发类似的产品，应该确保自己的行为不侵犯他人的著作权，并尽可能形成新的、具有独创性的作品。
• 如果对著作权法律问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。

总之，将有版权的系统改改源码并申请为自己的著作权是违法的，可能面临民事责任、行政责任甚至刑事责任。因此，建议遵守法律法规，尊重他人的知识产权。