当侵权诉讼的三年时效已经过去时，处理方式需要依据具体情况和法律规定来细致分析。以下是一些清晰、详细且有深度的建议：
一、诉讼时效制度的基本理解
诉讼时效制度是为了督促权利人及时行使权利而设立的。一旦侵权行为的诉讼时效过期，权利人通常将丧失通过诉讼获得法院强制义务人履行义务的支持，即丧失胜诉权。但这并不意味着权利人的实体权利完全消失，只是可能面临对方以诉讼时效进行抗辩的风险。
二、时效过期后的处理方式
协商与调解：
- 尽管诉讼时效已过，但权利人仍可以尝试与侵权人进行协商，要求其停止侵权行为或进行赔偿。
- 如果协商不成，可以考虑通过调解等非诉讼方式解决纠纷。调解过程中，双方可以更灵活地达成协议，避免法律程序的复杂性和不确定性。
义务人自愿履行：
- 如果侵权人自愿履行赔偿义务，法律并不禁止。权利人有权要求侵权人履行其自愿承担的义务。
- 侵权人履行后，不能以已过诉讼时效为由要求返还已履行的赔偿。
法院诉讼的考量：
- 如果侵权人以诉讼时效抗辩拒绝赔偿，法院通常会支持其主张，权利人难以通过诉讼要求强制赔偿。
- 但如果侵权行为在起诉时仍在持续，且在该注册商标专用权有效期限内，人民法院可能会判决被告停止侵权行为，但侵权损害赔偿数额的计算可能会受到诉讼时效的影响。
三、特殊情况下的处理
持续性侵权行为：
- 对于商标侵权等造成的持续性影响，如侵权标识仍在市场上存在一定影响，被侵权人可与侵权人协商要求其停止相关影响的持续。
- 也可考虑通过其他途径，如向市场监督管理部门反映，尝试消除侵权行为遗留的不良影响。
诉讼时效的中断与中止：
- 在诉讼时效期间内，如果权利人向义务人提出过履行请求、义务人同意履行义务等情形，会导致诉讼时效中断，从中断时起重新计算。
- 如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效会中止，从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
四、建议与总结
- 及时行权：权利人应尽可能在诉讼时效期间内行使权利，以避免丧失胜诉权的风险。
- 综合策略：在诉讼时效过期后，权利人应综合考虑协商、调解、诉讼等多种方式，根据具体情况制定合适的策略。
- 法律咨询：在处理侵权诉讼时效问题时，建议咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
综上所述，当侵权诉讼的三年时效已经过去时，权利人虽然可能面临丧失胜诉权的风险，但仍可以通过协商、调解等方式争取权益。同时，应了解诉讼时效的中断与中止等规定，以便在必要时采取相应措施。