建筑公司员工由包工头发工资这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 合法情形：

   • 劳动关系明确且合规：若建筑公司通过合法程序将工程分包给具备资质的包工头（或劳务公司），且包工头与工人之间建立了合法的劳动关系（如签订书面劳动合同、办理社保等），则包工头作为用人单位的代表，按合同约定向工人支付工资是合法的。此时，工资支付的责任主体仍是建筑公司，但实际发放可能由包工头代为执行。
   • 建筑公司授权包工头代发：若建筑公司与工人直接签订劳动合同，但书面授权包工头代为发放工资，且工资来源为建筑公司账户或专项资金，此行为亦合法。但需确保工资发放记录完整，避免纠纷。

2. 违法情形：

   • 包工头无资质或违法分包：若建筑公司将工程分包给无资质的包工头，或包工头未与工人签订劳动合同、未缴纳社保，则包工头发工资的行为可能涉嫌违法。此时，工人与建筑公司可能构成事实劳动关系，建筑公司需承担工资支付责任。若包工头拖欠工资，工人可直接要求建筑公司支付，并可通过劳动仲裁或诉讼维权。
   • 包工头克扣或拖欠工资：即使包工头与工人存在劳动关系，若其克扣、拖欠工资或未足额支付，亦属违法行为。工人可依据《劳动法》《劳动合同法》等规定，要求包工头或建筑公司支付工资及经济补偿，并可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。

法律建议：

• 对工人：

  • 确认与包工头或建筑公司的劳动关系，要求签订书面合同并保留工资条、考勤记录等证据。
  • 若遭遇拖欠工资，先与包工头或建筑公司协商；协商不成，及时向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  • 避免与包工头私下结算工资，确保工资通过正规渠道发放。

• 对建筑公司：

  • 严格审查包工头资质，避免违法分包。
  • 与包工头签订书面协议，明确工资支付责任及违约条款。
  • 监督工资发放情况，确保工人权益不受侵害。

法律后果：

• 若包工头或建筑公司违法支付工资，可能面临劳动监察部门的处罚（如罚款、责令整改），甚至需承担刑事责任（如拒不支付劳动报酬罪）。
• 工人可通过法律途径追讨工资及赔偿，维护自身合法权益。

总结：建筑公司员工由包工头发工资是否合法，关键在于劳动关系是否合法建立、工资支付是否合规。若存在违法情形，工人应及时维权，建筑公司亦需规范用工管理，避免法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。