甲方代理把公司给的货物给掉包是违法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律角度
违约行为：
- 如果甲方代理与公司之间存在代理合同或相关协议，并且协议中明确规定了货物的交付、质量、数量等条款，那么甲方代理掉包货物的行为显然违反了合同约定，构成违约。公司有权依据合同条款要求甲方代理承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、继续履行合同等。
侵权行为：
- 掉包货物可能涉及对公司的财产权侵害。如果甲方代理未经公司同意，擅自将货物掉包，导致公司财产损失，那么甲方代理的行为可能构成侵权。公司有权要求甲方代理停止侵害、恢复原状、赔偿损失等。
刑事犯罪：
- 在某些情况下，甲方代理掉包货物的行为可能构成刑事犯罪。例如，如果掉包行为涉及诈骗、盗窃等犯罪行为，且数额较大或情节严重，那么甲方代理可能面临刑事追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，诈骗公私财物数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
二、实际操作角度
证据收集：
- 如果公司发现甲方代理掉包货物，应立即收集相关证据，包括但不限于货物交付记录、掉包前后的货物照片或视频、证人证言等。这些证据将有助于公司证明甲方代理的违法行为，并维护自身权益。
协商与诉讼：
- 在收集到足够证据后，公司可以与甲方代理进行协商，要求其承担违约责任或赔偿损失。如果协商无果，公司可以向法院提起诉讼，要求法院判决甲方代理承担相应的法律责任。
预防措施：
- 为了避免类似事件的发生，公司可以在与甲方代理签订合同时，明确约定货物的交付、质量、数量等条款，并设置相应的违约责任和赔偿条款。同时，公司还可以加强对货物交付过程的监督和管理，确保货物的安全和质量。
三、建议与措施
加强合同管理：
- 公司应制定完善的合同管理制度，确保与甲方代理等合作伙伴签订的合同内容明确、条款清晰、责任明确。在合同中应明确约定货物的交付方式、时间、地点、质量标准等关键条款，以及违约责任和赔偿方式。
建立监督机制：
- 公司应建立对货物交付过程的监督机制，包括但不限于定期检查货物交付记录、抽查货物质量等。通过监督机制，公司可以及时发现并纠正甲方代理的违法行为，确保货物的安全和质量。
及时维权：
- 如果公司发现甲方代理掉包货物等违法行为，应及时采取措施进行维权。这包括收集证据、与甲方代理协商、向法院提起诉讼等。通过及时维权，公司可以最大限度地减少损失并维护自身权益。
综上所述，甲方代理把公司给的货物给掉包是违法的，公司应依法维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。