公司补缴社保保密协议书的合法性需分情况讨论：

1. 协议内容合法且不违反强制性规定时有效
   若保密协议仅针对补缴社保的事实、金额、操作流程等非公开信息设定保密义务，且未限制员工依法主张社保权益的权利（如后续举报、投诉等），则该协议具有合法性。例如，协议明确“双方不得向第三方泄露补缴方案细节”，但同时注明“本协议不影响员工通过法律途径维护社保权益”，此类条款通常有效。

2. 协议内容违法或限制法定权利时无效
   若协议包含以下条款，则因违反《劳动合同法》《社会保险法》等强制性规定而无效：

   • 要求员工放弃追缴权利：如约定“员工签署本协议后，不得再以任何形式要求公司补缴社保”；
     
   • 设定不合理赔偿条款：如规定“员工泄露补缴信息需支付高额违约金”；
     
   • 排除法定责任：如约定“公司补缴后，员工不得向社保部门投诉”。
     此类条款因剥夺劳动者法定权利，自始无效。

3. 实务建议

   • 对员工：签署前需核对协议是否限制法定权利，若发现违法条款可拒绝签署，或要求删除后签署；
     
   • 对公司：保密协议应聚焦商业秘密保护（如客户名单、技术资料），而非社保补缴这类法定义务，避免因条款违法被认定无效。

总结：补缴社保保密协议的合法性取决于内容是否违反法律强制性规定。若协议仅对操作细节保密且不限制法定权利，则合法；若包含剥夺权利、排除责任等条款，则无效。如有具体协议文本，可进一步分析条款合法性。