结论：供销社入股卖农药的企业或项目是否合法，需结合供销社的性质、入股方式及行业监管要求综合判断，符合条件则合法，反之可能存在法律风险。

1. 供销社作为市场主体的入股资格

供销社是集体所有制经济组织，属于合法市场主体，具备投资入股的民事权利能力。根据《民法典》及《公司法》，供销社可通过货币、实物、知识产权等合法财产出资入股，但需确保资金来源合法（如自有资金或政策允许的融资渠道），且不得使用财政拨款等禁止性资金入股。

2. 农药行业的特殊监管要求

农药销售属于特许经营行业，需遵守《农药管理条例》《危险化学品安全管理条例》等规定。若供销社入股的企业涉及农药生产、销售，需满足以下条件：

• 资质要求：被投资企业需取得农药经营许可证，供销社作为股东需审查其资质有效性；
  
• 经营范围限制：供销社不得通过入股变相从事未获许可的农药生产或跨区域销售；
  
• 环保与安全义务：若涉及农药生产，需符合环保、安全生产标准，供销社作为股东可能需承担连带责任。

3. 合规风险点

• 资金来源违法：若供销社使用财政资金或专项补贴入股，可能涉嫌挪用公款；
  
• 关联交易违规：供销社与被投资企业存在利益输送（如低价采购、垄断销售），可能违反《反垄断法》；
  
• 未履行审批程序：若供销社为国有性质，入股需经上级主管部门或国资监管机构批准，未履行程序可能无效。

4. 操作建议

• 事前审查：供销社应核查被投资企业的农药经营许可证、环保审批文件等资质；
  
• 协议约定：在入股协议中明确股东权利义务，尤其是合规责任分担条款；
  
• 定期审计：对被投资企业的财务、经营行为进行监督，避免违法风险。

如有具体入股方案或合同条款需审查，可直接向我咨询，我将结合细节提供法律意见。