结论前置：一般情况下，员工处罚款不可以从加班工资中扣除。
具体分析如下：
从工资支付原则角度：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，包括基本工资、加班工资等。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，具有法定性和强制性，用人单位不得随意克扣。
- 处罚款通常是因为员工违反了公司的规章制度等，但这并不构成用人单位克扣加班工资的合法理由。加班工资是劳动者在超出正常工作时间提供劳动后应得的额外报酬，与员工的违规行为并无直接关联，不能因为员工有违规行为就将其加班工资予以扣除。
从处罚款性质角度：
- 如果公司要对员工进行罚款，应当有明确的规章制度作为依据，且该规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论等）并公示告知员工。但即便有合法的罚款制度，罚款的金额和方式也受到严格限制。
- 罚款一般应从员工当月的工资中扣除，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。这里所说的工资通常是指基本工资等正常工作时间的工资，并不包括加班工资。加班工资是劳动者额外付出劳动的报酬，不应纳入罚款扣除的范围。
特殊情况说明：
- 如果员工因自身严重过错给用人单位造成了重大经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但这种赔偿与罚款是不同的概念，且赔偿的金额和方式也有严格限制。即使在这种情况下，也不能直接从加班工资中扣除赔偿款项，而应按照法定程序和规定进行处理，如从员工工资中逐月扣除，且扣除部分不得超过员工当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
建议：如果公司存在从加班工资中扣除处罚款的情况，员工可以先与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误的做法。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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