项目甲方在公示期可以委托招标代理机构提出质疑。以下从不同角度为您详细分析：

法律依据角度

根据《招标投标法》及相关规定，在中标候选人公示期内，投标人或其他利害关系人如对中标候选人或评标有异议，可以向招标人或招标代理机构提出。这里的“其他利害关系人”通常包括与招标项目有直接或间接利益关联的主体，项目甲方作为招标项目的发起方和利益相关方，显然属于有权提出异议的主体范畴。因此，从法律条文的角度来看，甲方在公示期有权提出质疑，且这种质疑可以通过招标代理机构来传达。

实际操作角度

在实际操作中，招标代理机构作为专业的招标服务机构，具备丰富的招标经验和专业知识，能够协助甲方更有效地提出质疑。甲方委托招标代理机构提出质疑，不仅可以提高质疑的专业性和针对性，还可以减轻甲方自身的工作负担。当然，甲方也可以选择自行向招标人或招标代理机构提出质疑，但委托专业机构往往能取得更好的效果。

注意事项角度

1. 质疑的时效性：甲方应在公示期内及时提出质疑，逾期提出的质疑可能不会被受理。
2. 质疑的内容：质疑应针对中标候选人或评标过程中的具体问题，如评标标准、评标过程、中标候选人的资格等，避免提出无根据或泛泛而谈的质疑。
3. 质疑的方式：质疑应以书面形式提出，并明确说明质疑的理由和依据。委托招标代理机构提出质疑时，应确保代理机构能够准确理解甲方的意图，并按照甲方的要求提出质疑。

可能的法律后果角度

如果甲方提出的质疑合理且成立，招标人或招标代理机构应依法作出答复，并可能根据质疑结果对中标候选人或评标过程进行调整。如果质疑不成立或未按照规定程序提出，甲方可能需要承担相应的法律责任，如因恶意质疑而给其他投标人或招标人造成损失的，应依法承担赔偿责任。

建议：甲方在公示期如需提出质疑，应充分考虑质疑的合理性、时效性和方式，并可以委托专业的招标代理机构来协助提出质疑。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。