结论：工程招标项目对投标方主观分有疑意时，投标方是可以提出质疑的。至于甲方和代理是否可以召集专家进行质疑，这需视具体情况和招标文件的规定而定。

详细分析：

1. 投标方对主观分的质疑权利：

   • 在工程招标项目中，投标方对评标结果，包括主观分部分，享有质疑的权利。这是招标投标活动公平、公正、公开原则的重要体现。如果投标方认为评标过程中存在不公正、不透明或违反招标文件规定的情况，特别是对主观分的打分有疑意，他们有权向招标方或相关监督机构提出质疑。

2. 甲方和代理召集专家质疑的合法性：

   • 甲方（招标人）和代理机构在招标过程中扮演着重要角色，但他们并不具备直接召集专家对投标方质疑进行裁决的权力。通常，质疑的处理应遵循招标文件规定的程序，可能包括由招标人组织原评标委员会进行复议，或者在必要时由监管部门介入调查。
   • 如果招标文件或相关法律法规明确规定了甲方和代理在特定情况下可以召集专家进行质疑处理，那么他们可以按照这一规定行事。但在没有明确规定的情况下，甲方和代理不应擅自召集专家进行质疑处理，以免引发新的争议或法律风险。

3. 质疑处理的程序和建议：

   • 投标方在提出质疑时，应确保质疑内容具体、明确，并提供相关证据或理由支持其质疑。质疑应以书面形式提交，并遵循招标文件规定的质疑期限和程序。
   • 招标方在收到质疑后，应及时进行审查，并根据招标文件和相关法律法规的规定进行处理。如果质疑成立，招标方应采取相应的纠正措施，如重新评标或调整中标结果等。
   • 如果投标方对招标方的处理结果不满意，他们还可以进一步向相关监管部门投诉或寻求法律救济。

法律背景与建议：

• 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标投标活动应遵循公平、公正、公开的原则，任何单位和个人不得非法干预、影响评标过程和结果。
• 投标方在提出质疑时，应充分了解招标文件和相关法律法规的规定，确保质疑的合法性和有效性。同时，他们也应保留好相关证据，以便在必要时提供证明。
• 对于甲方和代理机构来说，他们应严格遵守招标文件和相关法律法规的规定，确保招标投标活动的合法性和公正性。在处理质疑时，他们应保持客观、公正的态度，并遵循规定的程序进行处理。

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