工伤认定后，伤残九级的赔偿并不完全以公司指定的机构或方式为准。以下是对此问题的详细分析：

一、工伤认定的法律效力

首先，需要明确的是，工伤认定是由社会保险行政部门作出的行政决定，具有法律效力。一旦认定为工伤，劳动者就有权享受相应的工伤保险待遇，包括伤残赔偿。

二、伤残等级的评定

1. 评定机构：伤残等级的评定通常由劳动能力鉴定委员会进行，而不是由公司指定。劳动能力鉴定委员会是依法设立的专门机构，负责工伤职工的劳动能力鉴定工作。
2. 评定标准：伤残等级的评定依据是国家标准《劳动能力鉴定 职工工伤与职业病致残等级》，该标准明确了不同伤残等级的评定条件和标准。

三、公司无权指定伤残评定机构或方式

1. 公司无权干涉：公司作为用人单位，无权指定伤残评定的机构或方式。伤残评定应当遵循法定程序和标准，确保评定的公正性和准确性。
2. 劳动者权利：劳动者有权选择符合法定条件的劳动能力鉴定委员会进行伤残评定，并有权对评定结果提出异议或申请重新鉴定。

四、伤残九级的赔偿标准

1. 赔偿项目：根据《工伤保险条例》及相关规定，伤残九级的劳动者可以享受一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等赔偿项目。
2. 赔偿标准：具体赔偿标准因地区而异，但通常与劳动者的工资、伤残等级以及当地的社会平均工资等因素有关。赔偿金额的计算应当遵循法定公式和标准。

五、公司应履行的义务

1. 配合评定：公司应当积极配合劳动者的伤残评定工作，提供必要的证明材料和协助。
2. 支付赔偿：一旦伤残等级评定确定，公司应当按照法定标准及时支付相应的赔偿款项。

六、法律建议

1. 保留证据：劳动者在工伤认定和伤残评定过程中，应当注意保留相关证据，如工伤认定决定书、伤残等级评定书等。
2. 协商与诉讼：如果公司拒绝支付赔偿或存在其他争议，劳动者可以与公司进行协商；协商不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

总结来说，工伤认定后，伤残九级的赔偿并不以公司指定的机构或方式为准。劳动者有权选择符合法定条件的劳动能力鉴定委员会进行伤残评定，并享受相应的工伤保险待遇。如果公司拒绝支付赔偿或存在其他争议，劳动者可以通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。