当您发现基本农田的水资源被人占用时，这是一个涉及到您合法权益和农田使用权益的重要问题，需要采取一系列合法且有效的措施来处理。以下是我为您提供的详细处理步骤和建议：
一、收集证据
首先，您需要收集充分的证据来证明水资源被占用的事实。这包括但不限于：
- 现场照片和视频：拍摄占用现场的照片和视频，清晰展示占用情况，包括占用的范围、程度以及占用者等。
- 证人证言：如果有目击者或知情人士，可以请他们出具证言，证明水资源被占用的事实。
- 相关文件：如农田的承包合同、土地权属证书等，这些文件能证明您对该农田拥有合法权益，包括水资源的使用权。
二、与占用者协商
在收集到足够证据后，您可以尝试与占用者进行协商，要求其停止占用行为并恢复原状。在协商过程中，您可以：
- 明确指出占用行为的违法性：向占用者说明其占用行为违反了相关法律法规，侵犯了您的合法权益。
- 提出合理要求：要求占用者立即停止占用行为，并恢复农田的水资源使用状况。
- 形成书面协议：如果协商成功，最好形成书面协议，明确双方的权利义务，以避免后续纠纷。
三、向相关部门投诉举报
如果协商无果，您可以向相关部门投诉举报，请求其介入处理。这包括：
- 乡镇或县级以上人民政府的农业农村主管部门：这些部门负责农田的管理和保护工作，有权对非法占用农田水资源的行为进行查处。
- 土地管理部门：土地管理部门负责土地资源的规划和管理，对非法占用土地资源的行为有查处权。
四、申请仲裁或提起诉讼
如果行政部门未能很好地解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括：
- 向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁：如果农田涉及土地承包经营权纠纷，您可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，要求确定土地承包经营权归属，并让占用者恢复原状。
- 向人民法院提起诉讼：如果仲裁未能解决问题，或者您不希望选择仲裁方式，您可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要明确自己的诉讼请求，如要求占用者停止侵害、排除妨碍、恢复原状、赔偿损失等，并提供充分的证据来支持自己的主张。
五、关注后续赔偿和责任界定
在处理过程中，您还需要关注后续赔偿和责任界定问题。这包括：
- 财产损害赔偿：如果占用行为导致农田的使用价值受损，您可以要求占用者按照实际损失进行赔偿。
- 恢复原状费用：如果占用行为对农田的土壤结构、灌溉设施等造成破坏，您可以要求占用者赔偿将农田恢复到可正常耕种状态所需的费用。
- 法律责任：占用者可能面临行政处罚，严重的可能构成非法占用农用地罪，承担刑事责任。
六、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，公民的合法财产权益是受到法律严格保护的。对于非法侵占他人土地资源（包括水资源）的行为，法律一定会予以严厉的制裁，维护您的合法权益。
综上所述，当您发现基本农田的水资源被人占用时，应首先收集证据，然后与占用者协商，协商无果后向相关部门投诉举报，必要时申请仲裁或提起诉讼，并关注后续赔偿和责任界定问题。希望这些建议能对您有所帮助。