病假扣40%工资是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

1. 病假工资的法定标准

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及部分地方性法规（如《江苏省工资支付条例》），病假工资通常需满足以下条件：

• 医疗期内：员工因病或非因工负伤停止工作治病休息时，用人单位不得低于当地最低工资标准的80%支付病假工资。例如，若当地最低工资为2000元/月，则病假工资不得低于1600元/月。
• 医疗期外：若员工医疗期满后仍不能工作，用人单位可按不低于当地最低工资标准的80%支付疾病救济费，或依法解除劳动合同并支付经济补偿。

若单位直接扣40%工资，且剩余工资低于最低工资标准的80%，则属于违法。例如，员工月工资5000元，扣40%后仅剩3000元，若当地最低工资标准的80%为1760元（以2200元最低工资为例），则3000元虽高于1760元，但需进一步结合单位规章制度判断；若扣40%后低于1760元，则肯定违法。

2. 单位规章制度的合法性

• 程序合法：单位规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论），并公示或告知员工，否则对员工无约束力。
• 内容合法：规章制度中关于病假工资的规定不得低于法定标准。例如，单位规定“病假扣50%工资”，若剩余工资低于最低工资标准的80%，则该条款无效。

若单位规章制度未履行民主程序或内容违法，即使员工签字确认，该条款也不具法律效力。

3. 劳动合同的约定

• 若劳动合同中明确约定病假工资标准（如“病假期间发放工资的60%”），且该标准不低于最低工资标准的80%，则合法。
• 若约定低于法定标准，则该条款无效，单位仍需按法定标准支付。

4. 地方性法规的特殊规定

部分地区对病假工资有更高要求。例如：

• 上海：病假工资或疾病救济费不得低于当年本市职工月平均工资的40%（连续工龄≤2年）至100%（连续工龄≥8年）。
• 北京：病假工资不得低于最低工资标准的80%，但具体比例可能因工龄而异。

需结合您所在地区的具体规定判断。

法律建议

1. 核对当地最低工资标准：计算最低工资标准的80%，与单位实际支付的病假工资对比。
2. 审查单位规章制度：确认是否经民主程序制定，内容是否合法。
3. 查看劳动合同：确认病假工资条款是否合法有效。
4. 协商或投诉：若单位违法，可先协商；协商不成，向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。

示例计算（以最低工资2200元/月为例）：

• 法定最低病假工资 = 2200 × 80% = 1760元/月。
• 若单位扣40%后支付3000元，高于1760元，但需进一步审查规章制度和劳动合同；
• 若扣40%后支付1500元，低于1760元，则肯定违法。

如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区和具体情况进一步分析。