国有土地与农业耕地上的违法建筑在查处处理机关上确实存在不同，具体分析如下：

1. 农业耕地上违法建筑的查处机关：

   • 根据2020年1月1日起实施的新修订的《土地管理法》第七十八条规定，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的查处职责，由县级以上人民政府农业农村主管部门行使。这意味着，如果违法建筑是农村村民在农业耕地上未经批准建设的住宅，那么查处该违法建筑的机关就是农业农村主管部门。
   • 从机构职能层面看，农村宅基地改革和管理职责，包括宅基地执法，已由原国土资源部划归农业农村部。因此，农业农村主管部门在农业耕地上违法建筑的查处上具有明确的法定职责。

2. 国有土地上违法建筑的查处机关：

   • 对于国有土地上的违法建筑，其查处机关通常不是农业农村主管部门，而是自然资源主管部门（如国土资源局）。这是因为国有土地的管理和使用通常与自然资源主管部门相关，它们负责土地资源的规划、利用和保护等工作。
   • 在处理国有土地上的违法建筑时，自然资源主管部门会根据相关法律法规进行调查、认定和处理。如果违法建筑构成严重违法或需要强制拆除，自然资源主管部门可能会依法申请法院强制执行。

法律建议与后果：

• 对于农业耕地上的违法建筑，如果涉及农村村民未经批准非法占用土地建住宅，建议相关当事人及时与农业农村主管部门沟通，了解违法情况并积极配合处理，以避免可能的法律后果，如罚款、拆除违法建筑等。
• 对于国有土地上的违法建筑，如果涉及未经批准或违反规划进行建设，建议相关当事人及时与自然资源主管部门联系，了解违法情况并主动整改，以减少可能的法律风险和经济损失。

总结与提醒： 国有土地与农业耕地上的违法建筑在查处处理机关上存在明显差异。农业耕地上的违法建筑（特别是农村村民未经批准非法占用土地建住宅）通常由农业农村主管部门查处；而国有土地上的违法建筑则通常由自然资源主管部门负责处理。因此，在处理相关违法建筑问题时，必须明确土地性质和违法类型，以便准确确定查处机关并采取相应的法律措施。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。