员工自离公司扣20%工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合法扣工资的情况

1. 造成实际损失：

   • 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
   • 赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：
     • 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
     • 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

2. 法律依据：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

二、不合法扣工资的情况

1. 未造成实际损失：

   • 如果劳动者自离并未对用人单位造成实际损失，或者虽然造成了损失但用人单位未按照法定程序和限额进行扣除，那么用人单位的扣工资行为是不合法的。
   • 在这种情况下，劳动者有权要求用人单位足额支付工资。

2. 无理由扣工资：

   • 如果用人单位无理由地克扣工资，劳动者有权单方面解除与用人单位之间的劳动关系，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。

三、维权途径

如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：

1. 协商：

   • 首先尝试与用人单位进行协商，要求足额支付工资。

2. 投诉：

   • 若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。

3. 仲裁与诉讼：

   • 如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

四、其他注意事项

• 无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。
• 劳动者在离职时应尽量按照公司规定和劳动合同约定办理离职手续，以避免不必要的纠纷。

总结：员工自离公司扣20%工资是否合法，取决于劳动者的自离行为是否给用人单位造成了实际损失，并且用人单位在扣除工资时是否符合法定程序和限额规定。如果劳动者对此有疑问或认为用人单位的行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。