针对您提出的“发生了真实交易，让第三方代开发票是否违法”的问题，我可以明确地告诉您，这种行为是违法的，并且存在严重的法律风险。

一、法律依据

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条的规定，任何单位和个人都不得进行虚开发票的行为，这包括：

1. 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
2. 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
3. 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

让第三方代开发票，往往会导致发票信息与实际经营业务情况不相符，这明显违反了上述法律规定，属于虚开发票的行为。

二、法律后果

1. 行政责任：

   • 税务机关会没收违法所得；
   • 对于虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；
   • 虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。

2. 刑事责任：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，将面临严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役以及高额罚金；
   • 对于虚开的税款数额巨大或有其他特别严重情节的，甚至可能面临无期徒刑以及没收财产的处罚；
   • 对单位犯罪还将判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。

三、合法解决方案

在面对真实交易但未取得发票的情况时，您应该遵守法律法规，通过以下合法途径来解决问题：

1. 与销售方沟通协商：要求销售方依法开具发票。如果销售方拒绝开具，您可以向税务机关进行投诉举报。

2. 向税务机关申请代开：按照相关规定，您可以向税务机关申请代开发票，以确保交易的合法性及税务合规性。

3. 咨询专业顾问：如果您对如何处理这种情况感到困惑或不确定，可以咨询专业的税务顾问或律师，以获取准确的法律意见和帮助。

四、案例分析

以您提供的案例为例，张三因自身不具备开具增值税专用发票的资格，而找到第三方D公司代开发票。尽管张三与托运单位之间存在真实的运输业务，但他的这种行为仍然可能被视为虚开增值税专用发票罪，因为他虚构了开票单位与受票单位之间的业务关系，给国家税收造成了潜在流失的风险。

综上所述，让第三方代开发票是违法的，并可能导致严重的法律后果。因此，我强烈建议您务必遵守法律法规，通过合法途径解决发票问题。