农民工工资甲方垫付是合法的，但具体合法性及操作方式需结合实际情况和相关法律规定来详细分析。以下是从不同角度对这一问题的全面解答：

1. 合法性基础

• 合同约定：如果甲方（通常是建设单位或总承包单位）与乙方（农民工或农民工所在班组/劳务公司）在合同中明确约定了甲方在特定情况下有权垫付农民工工资，那么这种垫付行为就是合法的。合同是双方意思表示一致的产物，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。
• 法律规定：根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，保障农民工工资支付是用人单位的责任。在特定情况下，如乙方未按时支付农民工工资，甲方为了保障农民工的合法权益，避免引发社会问题，可以依法进行垫付。这种垫付行为可以视为甲方对乙方的一种临时性资金支持，但并不免除乙方最终支付工资的责任。

2. 垫付后的法律后果

• 追偿权：甲方垫付农民工工资后，有权向乙方追偿。这意味着甲方可以在垫付后，通过法律途径要求乙方偿还垫付的工资款项。如果乙方拒绝偿还，甲方可以依法向人民法院提起诉讼。
• 合同关系调整：垫付行为可能会对甲乙双方之间的合同关系产生影响。例如，双方可能会就垫付款项的偿还方式、期限等达成新的协议，或者对原合同中的相关条款进行修改。

3. 实际操作中的注意事项

• 垫付前协商：甲方在决定垫付农民工工资前，应与乙方进行充分协商，明确垫付的原因、金额、偿还方式等关键条款，并尽可能达成书面协议。这有助于避免后续纠纷的发生。
• 垫付后管理：甲方垫付工资后，应妥善保管相关凭证和资料，如垫付通知书、工资发放记录等。这些资料在后续追偿过程中将起到重要作用。
• 法律风险防范：甲方在垫付工资前，应评估乙方的财务状况和履约能力，避免因乙方无力偿还而给自身带来经济损失。同时，甲方也可以考虑要求乙方提供担保或采取其他风险防范措施。

4. 特殊情况下的处理

• 政府介入：在特定情况下，如乙方严重拖欠农民工工资且无力偿还，政府可能会介入并采取措施保障农民工的合法权益。这时，甲方的垫付行为可能会与政府的保障措施相衔接。
• 法律援助：如果农民工在工资支付问题上遇到困难，可以寻求法律援助机构的帮助。法律援助机构可以为农民工提供法律咨询、代理诉讼等服务，维护其合法权益。