分公司负责人可以仲裁公司，但需满足一定条件，即其与分公司构成劳动关系。以下是对此问题的详细分析：
一、分公司负责人与分公司的劳动关系
有营业执照的分公司：
- 若分公司依法取得营业执照或登记证书，它能作为用人单位与劳动者订立劳动合同。
- 当分公司负责人与分公司签订劳动合同，且存在管理与被管理、提供劳动并获取报酬等符合劳动关系特征的情况时，双方即构成劳动关系。
- 在此情况下，若分公司负责人的权益受侵害，如未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等，他有权申请劳动仲裁。
受总公司委托的分公司：
- 若分公司未依法取得营业执照或登记证书，但受总公司委托与劳动者订立劳动合同，此时分公司负责人若符合劳动关系构成要件（如提供劳动、接受管理、获取报酬等），且权益受损，同样可申请劳动仲裁。
二、分公司负责人不能仲裁公司的情形
- 若分公司负责人作为分公司的实际控制人等，与分公司不存在劳动关系特征（如不提供劳动、不接受管理、不获取报酬等），则他不能以劳动争议为由申请仲裁公司。
- 在此情况下，分公司负责人若与公司有纠纷，可能需要通过其他法律途径解决，如民事诉讼等。
三、劳动仲裁的流程与注意事项
准备证据：
- 分公司负责人在申请劳动仲裁前，应准备充分的证据来支撑自身诉求，如劳动合同、工作记录、工资发放凭证等。
明确仲裁请求：
- 分公司负责人应明确自己的仲裁请求，如要求支付未足额支付的劳动报酬、要求补缴社会保险费等。
遵循仲裁程序：
- 分公司负责人应按照法定程序进行仲裁申请、答辩、举证等环节，以确保仲裁程序的顺利推进。
考虑总公司责任：
- 在仲裁过程中，若分公司财产不足以履行仲裁裁决，分公司负责人可考虑要求总公司承担补充清偿责任。但需注意，这通常需要在仲裁裁决后，通过执行程序来实现。
建议：作为分公司负责人，在劳动权益方面存在疑问或对仲裁准备及流程等有困惑时，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。