结论前置：在最高额抵押登记设立查封后，又签订一份与登记不一致的合同，执行时应根据具体情况，按照以下原则处理。

1. 抵押权效力认定：

   • 最高额抵押权设立后，若抵押财产被查封，原则上不影响已设立的抵押权效力。但新签订的合同若涉及抵押财产的处分或抵押权内容的变更，需审查其是否符合法律规定及原抵押合同的约定。
   • 若新合同与登记内容不一致，且未经抵押权人同意或未依法办理变更登记，则该部分变更内容通常不对抗善意第三人，也不影响原抵押权的效力。

2. 合同效力分析：

   • 新签订的合同若仅是对原抵押合同某些条款的细化或补充，且不违反法律、行政法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人利益，则该合同在当事人之间具有法律效力。
   • 若新合同实质性改变了原抵押合同的主要条款（如抵押物范围、债权数额、债务履行期限等），且未经抵押权人书面同意或未依法办理抵押权变更登记，则该变更部分可能被认定为无效。

3. 执行阶段处理：

   • 在执行阶段，法院应首先审查抵押权的设立及登记情况，确认抵押权的合法性和有效性。
   • 对于新签订的合同，法院将根据其内容是否与原抵押合同一致、是否经过合法程序变更等因素，判断其对执行程序的影响。
   • 若新合同内容不影响原抵押权的实现，且不违反法律规定，法院可依据原抵押合同及登记情况进行执行。
   • 若新合同内容导致原抵押权实现受阻或产生争议，法院将根据具体情况，可能要求当事人先就合同效力进行诉讼确认，再根据确认结果决定执行方案。

4. 特殊情况考虑：

   • 若查封发生在最高额抵押权决定期间内，且查封导致抵押财产价值减少或无法实现抵押权，抵押权人可依据法律规定主张相应权利。
   • 若新合同涉及恶意串通、损害国家或第三人利益等情形，法院将依法认定其无效，并可能追究相关当事人的法律责任。

建议：在处理此类复杂情况时，建议当事人及时咨询专业律师，通过法律途径明确各方权利义务，确保执行程序的顺利进行。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。