结论：有合同但没有发票，支出能否被认可需分情况讨论，主要取决于支出性质、税务合规性及证据充分性。以下从不同场景展开分析：

1. 企业所得税税前扣除：发票是关键凭证，但非唯一条件

根据《企业所得税法》及实施条例，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出（包括成本、费用、税金等），准予在计算应纳税所得额时扣除。但发票是证明支出真实性的重要凭证，尤其是涉及货物或服务采购时。

• 若支出属于增值税应税项目（如购买原材料、设备、接受服务等），根据《发票管理办法》，销售方或服务提供方有义务开具发票。未取得发票可能导致税务机关不认可该支出，进而无法税前扣除。
• 例外情形：若支出属于非增值税应税项目（如支付违约金、赔偿金、罚款等），或对方为无需办理税务登记的个人（如小额零星交易，单次不超过500元），可凭内部凭证（如合同、付款记录、对方身份证明等）税前扣除。但需注意，此类支出仍需满足“真实性、合理性、相关性”要求。

2. 增值税进项税额抵扣：无发票则无法抵扣

若支出涉及增值税应税项目，且企业希望抵扣进项税额，则必须取得合法有效的增值税专用发票或其他符合规定的扣税凭证。未取得发票的，进项税额不得从销项税额中抵扣。

3. 合同效力与支出认定：合同是基础，但需补充证据

合同是证明双方权利义务关系的重要文件，但仅凭合同可能不足以证明支出实际发生。例如：

• 若合同约定付款条件为“见票付款”，则未取得发票可能导致付款义务未触发；
• 若合同已履行（如货物已交付、服务已完成），但未取得发票，企业可通过其他证据（如验收单、物流记录、沟通记录等）证明支出真实性，但仍可能面临税务机关的质疑。

4. 税务风险与合规建议

• 风险点：未取得发票可能导致支出被调增应纳税所得额，补缴企业所得税及滞纳金；若涉及增值税，还可能面临进项税额转出及罚款。
• 建议：
  1. 优先选择能开具发票的供应商或服务方；
  2. 若对方无法开具发票，可要求其到税务机关代开发票；
  3. 保留合同、付款记录、物流单据等证据，以备税务检查；
  4. 定期自查，确保支出合规性。

总结：有合同无发票时，支出能否被认可需结合支出性质、税务规定及证据充分性判断。建议企业优先确保税务合规，避免因发票问题引发税务风险。如有具体案例，可进一步提供细节，我将为您详细分析。