结论前置：

1. 若款项性质明确且符合规定：甲方直接将款项打入农民工专用账户，在符合相关法律法规及合同约定的情况下，是合法且有效的支付方式。
2. 若款项性质不明确或存在争议：则可能涉及支付方式不当、合同违约或法律风险等问题，需进一步分析具体情况。

详细分析：

一、款项性质明确且符合规定的情况

根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，为了保障农民工的合法权益，确保工资按时足额支付，设立了农民工工资专用账户制度。在这一制度下，建设单位（甲方）应当按照合同约定及时拨付工程款中的人工费用，直接拨付至农民工工资专用账户。

1. 合法性：如果甲方与施工单位（乙方）在合同中明确约定了人工费用的支付方式和账户，且该账户为依法设立的农民工工资专用账户，那么甲方直接将款项打入该账户是合法的。

2. 有效性：此种支付方式能够确保农民工工资直接、及时地发放到农民工手中，减少了中间环节，提高了支付效率，是有效的支付方式。

二、款项性质不明确或存在争议的情况

如果甲方直接将款项打入农民工专用账户，但款项性质并非明确的人工费用，或者该支付方式并未在合同中明确约定，那么可能涉及以下问题：

1. 支付方式不当：如果合同中并未约定甲方可以直接将款项打入农民工专用账户，那么甲方的此种支付方式可能构成违约，需要承担相应的违约责任。

2. 合同违约：如果甲方的支付行为违反了与施工单位之间的合同约定，施工单位有权要求甲方按照合同约定的方式支付款项，并可能要求甲方承担因违约造成的损失。

3. 法律风险：如果甲方的支付行为涉及非法转移资金、逃避税收等违法行为，那么甲方将面临法律制裁的风险。

建议与措施：

• 核实合同条款：首先，需要核实甲方与施工单位之间的合同条款，明确双方的权利和义务，特别是关于款项支付方式和账户的约定。

• 沟通协商：如果发现甲方的支付方式存在问题，建议及时与甲方进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。

• 法律途径：如果沟通协商无果，且甲方的支付行为确实违反了法律法规或合同约定，施工单位可以考虑通过法律途径维护自身权益。

在处理此类问题时，请确保所有操作均符合相关法律法规的要求，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。