针对您提出的“甲方没有把钱转入农民工工资专户，而是转入乙方公司账户怎么办”这一问题，以下是详细的分析与建议：
首先明确法律责任与义务：
- 根据《保障农民工工资支付条例》及相关法律法规，建设单位（甲方）有义务按照合同约定，将人工费用足额拨付至农民工工资专用账户，用于支付农民工工资。若甲方未履行此义务，将款项转入乙方公司账户而非农民工工资专户，这构成了违法行为。
分析可能的原因与后果：
- 原因：甲方可能因管理疏忽、对法规不了解、或故意规避监管等原因，未将款项转入指定账户。
- 后果：此行为可能导致农民工工资无法按时足额发放，引发劳动纠纷，甚至影响工程进度和社会稳定。同时，甲方和乙方都可能面临法律责任，包括但不限于罚款、责令改正、信用惩戒等。
应对措施与建议：
- 立即沟通：乙方应首先与甲方进行沟通，明确指出其违法行为，并要求甲方立即将款项转入农民工工资专户，确保农民工工资的及时支付。
- 书面通知：若沟通无果，乙方应向甲方发出书面通知，详细说明情况，并要求甲方在规定期限内改正。同时，保留好相关证据，如转账记录、沟通记录等。
- 寻求政府帮助：若甲方仍不改正，乙方可以向当地人力资源社会保障行政部门或相关行业工程建设主管部门报告，请求政府介入调查并处理。
- 法律途径：在必要时，乙方可以依法向人民法院提起诉讼，要求甲方承担违约责任，并赔偿因此造成的损失。
预防措施：
- 加强合同管理：在签订合同时，应明确约定人工费用的支付方式、支付时间、支付账户等关键条款，确保双方权益得到保障。
- 建立监督机制：乙方可以建立对甲方支付行为的监督机制，定期检查款项支付情况，确保农民工工资专户的资金充足。
- 加强法规宣传：双方应加强对相关法律法规的学习和宣传，提高法律意识，避免违法行为的发生。
总结：甲方未将钱转入农民工工资专户而转入乙方公司账户是违法行为，乙方应立即与甲方沟通并要求改正，若沟通无果可寻求政府帮助或通过法律途径解决。同时，双方应加强合同管理和法规宣传，预防类似问题的再次发生。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。