公司在法定节假日工资只发一部分是违法的。以下从不同角度为你详细分析：
法定节假日工资支付的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，即使劳动者在法定节假日没有实际工作，用人单位也应当支付其正常的工资报酬，这是保障劳动者休息权益的重要规定。
法定节假日加班工资的额外规定
如果用人单位在法定节假日安排劳动者工作，根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，应当按照不低于工资的百分之三百支付工资报酬。这是对劳动者在法定节假日牺牲休息时间进行工作的合理经济补偿。因此，如果公司在法定节假日安排了工作，但只支付了一部分工资，而没有按照法定标准支付百分之三百的工资报酬，那么这种行为也是违法的。
违法行为的后果及劳动者维权途径
如果公司违反了上述规定，在法定节假日工资只发一部分，劳动者有权依法维护自己的合法权益。具体维权途径包括：
与公司协商：首先尝试与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，明确指出其工资支付行为违反法律规定，要求其补发被扣工资或按照法定标准支付加班工资。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门举报投诉。劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并责令用人单位改正违法行为。
申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理未能满足劳动者的诉求，或者劳动者希望直接通过法律途径解决纠纷，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁程序是一种高效、专业的纠纷解决机制，能够确保劳动者的合法权益得到公正的处理。
提起诉讼：如果对仲裁结果不满意，劳动者还可以向人民法院提起诉讼。诉讼程序将为劳动者提供最终的司法救济途径，确保其权益得到充分的保护。
劳动者维权时的注意事项
在维权过程中，劳动者应当注意保留好相关证据，如劳动合同、工资条、加班记录等。这些证据将在协商、投诉、仲裁或诉讼过程中发挥关键作用，帮助劳动者证明自己的权益受到了侵害。
综上所述，公司在法定节假日工资只发一部分是违法的行为，劳动者有权依法采取多种措施来维护自己的合法权益。如果你遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。