在民事诉讼中，当法院查明的事实与最初确定的案由不一致时，这是一个相对常见且需要细致处理的问题。以下是对此情况的详细解答：
首先，我们要明确案由在民事诉讼中的作用。案由，作为案件的标签，精准地反映了当事人之间的法律关系与争议焦点，对案件的审理方向和法律适用起着关键的指引作用。然而，由于司法实践的复杂性和多样性，立案时确定的案由有时可能与法院深入查明后的实际法律关系存在不一致。
针对这种情况，最高院在相关案例中给出了明确的指导。例如，在《深圳市盛康达投资有限公司等与深圳市利明泰股权投资基金有限公司侵权纠纷上诉案》中，最高院指出：诉讼过程中，如果当事人主张的法律关系的性质或者民事行为的效力与人民法院根据案件事实作出的认定不一致，当事人是有权变更诉讼请求的。
具体来说，当法院查明的事实与案由不一致时，通常会经历以下几个步骤：
法院释明：法院会根据所查明的案件事实，向当事人进行释明，指出原案由与实际法律关系的不符之处。
当事人选择：在法院释明后，当事人有权选择是否变更诉讼请求。如果当事人认为变更诉讼请求更有利于维护自身权益，他们可以向法院提出变更申请。
法院审查：法院会对当事人的变更申请进行审查，确保变更后的诉讼请求与案件事实相符，且符合法律规定的受理条件。
继续审理：如果法院同意当事人的变更申请，案件将继续按照变更后的诉讼请求进行审理。
此外，从法律条文的角度来看，《民事诉讼法》第五十一条明确规定：“原告可以放弃或者变更诉讼请求。被告可以承认或者反驳诉讼请求，有权提起反诉。”同时，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十五条第一款也指出：“诉讼过程中，当事人主张的法律关系的性质或者民事行为的效力与人民法院根据案件事实作出的认定不一致的，不受本规定第三十四条规定的限制，人民法院应当告知当事人可以变更诉讼请求。”
因此，当法院查明的事实与案由不一致时，当事人完全有权根据法院的释明和自身的判断，选择是否变更诉讼请求。这是维护当事人合法权益、确保案件公正审理的重要一环。