在非法经营罪案件中，流水的指认或认定贯穿于刑事诉讼的各个阶段，包括侦查阶段、审查起诉阶段以及审判阶段。以下是对这一问题的详细解答：

侦查阶段

在侦查阶段，公安机关承担着收集、调取与案件有关证据的重要职责。对于非法经营罪案件，公安机关会通过调查银行账户交易记录、销售凭证等方式，来确定非法经营的流水数额。这一数额是后续刑事诉讼活动的重要基础，也是定罪量刑的关键依据。公安机关会仔细梳理每一笔资金的流向和交易情况，力求准确计算出非法经营的流水，以确保后续诉讼活动的顺利进行。

审查起诉阶段

进入审查起诉阶段后，检察机关会对侦查机关认定的流水数额进行审查核实。检察机关会判断相关证据是否确实、充分，如果存在问题，可能会将案件退回公安机关补充侦查。这一环节体现了检察机关的法律监督职能，确保案件的证据质量符合起诉标准。在审查过程中，检察机关会重新核对各项证据，包括银行账户交易记录、销售凭证等，以确保认定的流水准确无误。

审判阶段

在审判阶段，法院会依据控辩双方提供的证据对非法经营流水作出最终认定。控方会举证证明非法经营的流水数额，而辩方则可以提供反驳证据。法院会综合全案证据，遵循证据规则和证明标准，确定最终的流水数额，并以此作为定罪量刑的重要依据。这一过程中，法院会充分考虑各种因素，包括经营行为的性质、规模、获利情况等，以确保司法公平和公正。

流水指认的重要性与注意事项

流水指认在非法经营罪案件中具有至关重要的作用。它能够清晰呈现非法经营行为的资金往来情况，辅助司法机关准确判断犯罪事实。然而，流水的指认并非唯一认定依据。司法实践中，还需结合相关合同、协议、销售记录、证人证言、视听资料等其他证据，共同支撑指控。如果仅有流水而无其他证据佐证，难以认定行为性质和目的，不能仅以流水认定非法经营。

实际案例分析

以小朱涉嫌非法经营案为例，公安机关通过调查其银行账户交易记录、销售凭证等，认定其非法经营流水数额巨大。检察机关经审查后，觉得证据存在疑问，将案件退回公安机关补充侦查。到了审判阶段，控方和辩方围绕非法经营流水数额展开激烈辩论，控方举证证明，辩方提供反驳证据。最终，法院依据全案证据确定了流水数额，并以此作为定罪量刑的依据。

在非法经营罪案件中，流水的指认或认定是一个复杂而关键的过程。它涉及多个诉讼阶段和多种证据类型。如果你或你身边的人涉及此类案件，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。