结论：合同中注明“不入工会”，后续是否可以入会需分情况讨论，具体如下：

1. 合同条款的效力与工会入会的独立性
   根据《中华人民共和国工会法》第三条，加入工会是劳动者的法定权利，任何组织或个人不得以任何理由阻挠或限制。若合同中“不入工会”的条款违反法律强制性规定（如剥夺劳动者入会权），则该条款可能被认定为无效。此时，劳动者仍有权依法申请加入工会，不受合同限制。

2. 合同条款合法且未违反强制性规定时的处理
   若合同条款未直接违反法律（例如以“自愿不入会”为前提，且未附加不合理条件），则需结合具体情境判断：

   • 劳动者自愿放弃权利：若劳动者在签订合同时明确知晓并同意不入会，且未受胁迫、欺诈，后续反悔要求入会的，可能面临合同履行的争议。此时需通过协商、修改合同或解除合同解决。
     
   • 用人单位单方强制限制：若用人单位以合同条款为由，单方面禁止劳动者入会，则涉嫌侵犯劳动者合法权益。劳动者可向劳动行政部门投诉，或通过劳动仲裁、诉讼主张权利。

3. 实务建议

   • 劳动者角度：若合同条款限制入会，可先与用人单位协商修改条款；协商不成时，可依据《工会法》向当地总工会或劳动监察部门求助，确认条款合法性后依法维权。
     
   • 用人单位角度：应避免在合同中设置违反法律强制性规定的条款，否则可能面临行政处罚或合同无效风险。建议通过合法方式（如民主协商）与劳动者就工会相关事宜达成一致。

总结：合同条款不得剥夺劳动者入会的法定权利，若条款违法则无效；若条款合法但存在争议，需通过协商或法律途径解决。具体操作需结合合同内容、签订背景及法律规定综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。