员工严重违反公司制度造成工伤治疗期间，用人单位仍需支付工资。具体分析如下：
一. 员工工伤治疗期间的工资支付规定
- 依据《工伤保险条例》第三十三条：职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这一条款明确了工伤治疗期间，用人单位应支付员工原工资福利待遇。
- 工伤治疗的特殊性：工伤治疗期间，员工因工作原因受伤，需要暂停工作接受医疗，此时用人单位支付工资是基于工伤保险制度的规定，与员工是否违反公司制度无直接关系。
二. 员工严重违反公司制度的处理
- 公司制度的约束力：员工严重违反公司制度，公司有权依据相关规章制度进行处罚，如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 与工伤治疗的独立性：但员工违反公司制度的行为与其因工作受伤需要治疗的事实是两个独立的事件。公司不能因员工违反制度而拒绝支付其工伤治疗期间的工资。
三. 结论
- 因此，即使员工严重违反公司制度，但在其工伤治疗期间，用人单位仍应按照《工伤保险条例》的规定支付其原工资福利待遇。
我建议用人单位在处理此类情况时，应严格区分员工的工伤治疗与其违反公司制度的行为，确保合法合规地处理两者之间的关系。如有进一步需要，您可以继续咨询我。