结论前置：针对合伙承包的方解石矿山被其中一个合伙人以其公司名义办理采矿许可证的情况，可采取以下法律措施：

1. 核查合伙协议与法律关系
   首先需确认合伙协议中是否明确约定了矿山承包、采矿权归属及办理采矿许可证的责任主体。若协议明确约定采矿权归全体合伙人共有，或办理许可证需经全体合伙人同意，则该合伙人的行为可能构成违约或侵权。此时，其他合伙人可依据《民法典》合同编或侵权责任编，要求其停止侵权、赔偿损失，甚至解除合伙关系。

2. 主张采矿权归属争议
   根据《矿产资源法》及实施细则，采矿权需经行政许可取得，且许可主体应与实际开采主体一致。若矿山承包合同已明确采矿权归属合伙体（如以合伙企业名义申请），而该合伙人擅自以其公司名义办理许可证，可能涉及“一矿多主”或“权证分离”的违法情形。其他合伙人可向自然资源部门举报，要求撤销违规许可，或通过行政诉讼确认许可违法。

3. 追究合伙人内部责任
   若该合伙人行为违反合伙协议或损害合伙利益，其他合伙人可依据《合伙企业法》要求其承担违约责任（如赔偿损失、返还非法所得）。若其行为构成抽逃出资、侵占合伙财产等，还可追究其民事赔偿责任，甚至通过刑事控告（如职务侵占罪）维护权益。

4. 协商或诉讼解决争议
   建议优先通过协商明确采矿权归属及后续合作方式；若协商无果，可向法院提起合伙协议纠纷之诉，要求确认许可证无效、分割合伙财产或解散合伙。同时，需注意收集证据（如合伙协议、承包合同、许可证办理材料、资金往来记录等）以支持主张。

行动建议：

• 立即委托律师核查合伙协议、承包合同及许可证办理流程，评估法律风险；
  
• 向自然资源部门申请信息公开，确认许可证办理是否合规；
  
• 同步与违规合伙人沟通，固定其违约证据，为后续诉讼或协商做准备。
  

如有进一步细节（如合伙协议内容、许可证办理时间等），可随时补充，我将为您细化分析。