针对您提出的“超限运输车辆未按超限运输通行证许可线路行驶，且运载货物不一致”的处罚问题，我将结合相关法律法规，为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，超限运输车辆必须严格按照超限运输通行证上指定的时间、路线和速度行驶，同时运载的货物也必须与通行证上注明的货物一致。这是为了确保公路设施的安全和道路运输的合法性。

一、未按许可线路行驶的处罚

根据《公路安全保护条例》(国务院令第593号)第六十五条的规定，经批准进行超限运输的车辆，如果未按照指定时间、路线和速度行驶，将由公路管理机构或者公安机关交通管理部门责令改正。如果拒不改正，公路管理机构或者公安机关交通管理部门有权扣留车辆。

二、运载货物不一致的处罚

虽然直接针对“运载货物不一致”的处罚条款可能并未在《公路安全保护条例》中明确提及，但此类行为实际上构成了对超限运输通行证规定的违反，因为通行证上明确注明了运载的货物类型。因此，这种行为可能被视为“擅自超限行驶公路”的一种情形。

根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》(交通部令2000年第2号)第二十四条的规定，违反相关规定（包括未按许可线路行驶、运载货物不一致等可能构成擅自超限行驶公路的行为）的，县级以上交通主管部门或其授权委托的公路管理机构应当责令承运人停止违法行为，并可处5000元以下的罚款。

三、综合处罚建议

在实际操作中，如果超限运输车辆既未按许可线路行驶，又运载了与通行证不一致的货物，那么相关部门可能会根据具体情况，结合上述两条法规，对承运人进行更为严厉的处罚。这可能包括责令停止违法行为、罚款（可能接近或达到5000元的上限）、扣留车辆等措施。

四、预防与建议

为了避免此类处罚，我建议您：

1. 在进行超限运输前，务必依法办理超限运输车辆通行证，并确保通行证上的信息（包括时间、路线、速度、运载货物等）准确无误。
2. 严格按照通行证上的规定行驶，不得擅自改变路线或运载与通行证不一致的货物。
3. 定期检查车辆状态，确保车辆符合道路交通安全标准，避免因车辆问题导致的超限或违法行为。

综上所述，超限运输车辆未按超限运输通行证许可线路行驶，且运载货物不一致，将可能面临责令停止违法行为、罚款、扣留车辆等处罚。因此，我建议您严格遵守相关法律法规，确保合法合规地进行道路运输。