大件运输车辆行驶线路与超限证标注路线不符，将视为违法超限运输，并面临相应的法律处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、法律定性
根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》的相关条款，大件运输车辆必须严格按照许可的时间、路线和速度行驶。若车辆行驶线路与超限证标注路线不符，即构成违法超限运输。这一规定旨在确保大件运输过程中的安全，防止因车辆过大或过重而引发的交通事故，以及保护公路设施不受损害。
二、法律后果
罚款：
- 违法超限运输的大件运输车辆，将面临公路管理机构的罚款处罚。罚款金额可能因违法行为的性质、情节和危害程度而有所不同。例如，有案例显示，大件运输车辆因行驶轨迹与超限运输证标注线路严重不符，被处以3万元的罚款。
责令停止违法行为：
- 公路管理机构有权责令违法超限运输的大件运输车辆停止行驶，以防止违法行为继续造成危害。
扣留车辆：
- 在严重情况下，公路管理机构可能扣留违法超限运输的车辆，直至违法行为得到纠正。
吊销运输许可证：
- 对于多次违法或情节严重的大件运输企业，公路管理机构可能吊销其运输许可证，禁止其继续从事大件运输业务。
三、特殊情形与柔性执法
- 首违免罚：在某些地区，对于首次轻微违法行为，且尚未造成危害后果的，公路管理机构可能根据相关规定免予行政处罚。这体现了柔性执法的理念，旨在鼓励运输企业自觉遵守法律法规。但需要注意的是，首违免罚并不适用于所有情况，且具体免罚条件可能因地区而异。
四、建议与措施
严格遵守许可要求：
- 大件运输企业应严格遵守超限运输许可的时间、路线和速度要求，确保运输活动的合法性和安全性。
配备专业护送人员：
- 大件运输企业应配备专业护送人员，确保运输过程中的安全。护送人员应熟悉运输路线和交通状况，能够及时应对突发情况。
加强驾驶员培训：
- 大件运输企业应加强对驾驶员的培训，提高其安全意识和操作技能。驾驶员应牢记“三必须”：按审批路线行驶、按规定时段通行、落实安全防护措施。
及时申请许可变更：
- 若因特殊原因需要变更运输路线或时间，大件运输企业应及时向公路管理机构申请许可变更，确保运输活动的合法性和安全性。
如有任何关于大件运输或交通违章方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。