针对一次运输两个大件但高速入口与超限证不符的情况，处罚需根据具体违规情形确定，可能涉及行政处罚及信用惩戒措施。具体分析如下：

1. 超限运输许可的法定要求
   根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》第六条，超限运输需向交通主管部门申请许可，并提交车辆信息、运输路线、通行时间等材料。许可机关核发《超限运输车辆通行证》后，运输单位需严格按照证件载明的路线、时间、速度行驶，且车辆及装载物品须与证件一致。若高速入口与证件不符，可能涉及两种违规情形：

   • 路线不符：实际通行入口与证件批准路线不一致；
     
   • 车辆或货物不符：运输车辆或装载物品与证件登记信息不一致（如未同时运输两个大件或货物尺寸超限）。

2. 行政处罚的法律依据及标准
   根据《公路安全保护条例》第六十四条及《超限运输车辆行驶公路管理规定》第四十三条，违规行为可能面临以下处罚：

   • 罚款：
     
     • 若仅路线不符但未造成危害后果，可处1000元以下罚款；
       
     • 若车辆或货物与证件不符（如超限部分未申报），可处3万元以下罚款；
       
     • 若同时存在路线不符及货物超限，罚款可能叠加，最高可达3万元。
       
   • 责令改正：要求运输单位立即停止违规行为，按证件要求重新规划路线或调整货物。
     
   • 信用惩戒：违规信息可能录入公路超限运输信用系统，影响后续许可申请及企业信用评级。

3. 特殊情形下的处罚加重
   若违规行为导致公路设施损坏或交通事故，除行政处罚外，还需承担民事赔偿责任；情节严重的（如多次违规、伪造证件），可能构成《刑法》第二百八十条规定的“伪造、变造、买卖国家机关公文、证件罪”，面临刑事处罚。

建议：运输单位应严格核对超限证信息与实际运输情况，确保证件、车辆、货物、路线“四一致”。若已发生违规，需主动配合调查，及时整改并申请补办许可，以降低处罚风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用及应对策略。