针对您提出的“超限车辆运输通行证两件货物怎么处罚”的问题，首先需要明确的是，无论运输的是一件货物还是两件货物，只要未办理超限运输车辆通行证而进行超限运输，都将面临相应的法律处罚。以下是对此问题的详细解答：
一、处罚原则
未办理超限运输车辆通行证进行运输，是违反《公路安全保护条例》、《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法规的行为，将受到严格的法律处罚。处罚的目的是为了维护公路设施的安全和道路运输的合法性。
二、具体处罚措施
责令停止违法行为：
- 公路管理机构或县级以上道路运输管理机构有权责令当事人立即停止超限运输的违法行为。这意味着，一旦发现未办理通行证而进行超限运输，相关部门将立即要求停止运输活动。
罚款：
- 罚款金额根据超限程度的不同而有所差异。对于车货总高度、宽度、长度未超过一定标准的，可能处200元以下罚款；超过一定标准但未特别严重的，处200元以上1000元以下罚款；超限情况较为严重的，处1000元以上3000元以下罚款。若车货总质量超标，还将根据超重量进行额外罚款，最高不超过30000元。
- 需要注意的是，如果存在违法所得，相关部门将没收违法所得，并处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款；若无违法所得或不足2万元，将处以3万元以上10万元以下的罚款。这一规定同样适用于运输两件货物的情况。
扣留车辆：
- 公安机关交通管理部门有权依法扣留涉案车辆，直至车主或驾驶员提供有效的超限运输许可证或消除超限状态。这意味着，如果未办理通行证而进行超限运输，车辆可能会被扣留，直到问题得到解决。
其他行政处罚：
- 根据具体情况，还可能面临警告、吊销驾驶证等其他行政处罚措施。这些处罚措施将根据违法行为的严重程度和具体情况来决定。
追究刑事责任：
- 如果未办理超限运输车辆通行证的行为构成犯罪，如造成严重后果或屡教不改，将依法追究刑事责任。这可能涉及刑事拘留、有期徒刑等更严重的法律后果。
三、特别说明
- 超限运输车辆通行证是一车一证的，仅限于本超限运输车辆在规定的时间、路线和速度进行道路运输使用。因此，无论运输的是一件货物还是两件货物，都需要为每辆超限运输车辆单独办理通行证。
- 不同地区可能根据本地实际情况，在法律规定的幅度范围内制定具体的实施细则和裁量标准。因此，在实际操作中，还需要参考当地的具体规定。
四、建议与预防
为避免处罚，车主或驾驶员应严格遵守相关法律法规，确保在进行超限运输前依法办理相关手续，并按照规定的时间和路线行驶。同时，也应定期检查车辆状态，确保车辆符合道路交通安全标准。
综上所述，未办理超限运输车辆通行证而进行超限运输（无论是一件货物还是两件货物）都将面临严厉的法律处罚。因此，建议车主或驾驶员在从事超限运输前务必了解并遵守相关法律法规，确保合法合规地进行道路运输。