超限运输车辆未按指定路线行驶的，一般由公路管理机构或者公安机关交通管理部门进行处罚。以下是详细分析：

法律依据

根据《公路安全保护条例》第六十五条的规定：“违反本条例的规定，经批准进行超限运输的车辆，未按照指定时间、路线和速度行驶的，由公路管理机构或者公安机关交通管理部门责令改正；拒不改正的，公路管理机构或者公安机关交通管理部门可以扣留车辆。”这一条款明确指出了对于超限运输车辆未按指定路线行驶的处罚主体和处罚措施。

处罚主体

1. 公路管理机构：作为公路的直接管理者，公路管理机构有权对超限运输车辆未按指定路线行驶的行为进行处罚。这包括责令改正、扣留车辆等措施。
2. 公安机关交通管理部门：在超限运输车辆违反交通规定，如未按指定路线行驶且可能影响交通安全时，公安机关交通管理部门也有权进行处罚。

处罚措施

1. 责令改正：对于初次违规或情节较轻的，公路管理机构或公安机关交通管理部门会责令车辆驾驶人立即改正，按照指定的时间、路线和速度行驶。
2. 扣留车辆：对于拒不改正或情节严重的，公路管理机构或公安机关交通管理部门有权扣留车辆，直至驾驶人接受处罚并改正违法行为。

实际案例

在实际执法中，各地交通执法部门会依据相关法律法规，对超限运输车辆未按指定路线行驶的行为进行查处。例如，舒城县交通执法大队就曾查处一起大件运输车辆不按许可路线行驶公路案，依法对当事人进行了处罚。

建议与提醒

1. 遵守规定：超限运输车辆在行驶前，应仔细了解并遵守指定的时间、路线和速度要求，确保合法合规运输。
2. 及时沟通：如因特殊情况需要变更路线或时间，应及时与相关部门沟通并办理变更手续。
3. 接受处罚：如因违规行为被处罚，应积极配合并接受处罚，避免进一步扩大损失。

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