公司车辆违章扣分的责任主要归属于实际驾驶人，但在某些情况下，公司也可能需承担相关责任，具体处理方式需遵循法律法规和公司内部规章制度。以下是对此问题的详细分析：
一、责任归属原则
实际驾驶人责任：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》，交通违章行为的处罚对象是具体的违法驾驶人。因此，公司车辆违章时，原则上应由实际驾驶该车辆的人承担扣分责任。
- 扣分是对驾驶人违反交通规则行为的一种惩处措施，旨在提高驾驶人的交通安全意识，与车辆本身无关。
公司可能承担的责任：
- 公司管理责任：若公司对车辆使用和管理存在过错，如未对驾驶员进行必要培训或明知驾驶员不适合驾驶仍安排其驾车，公司可能需承担法律责任。尽管扣分针对驾驶人，但公司可能面临其他处罚，如行政罚款等。
- 职务行为导致的违章：员工在执行职务过程中发生违章，如因公务外出途中违章，公司可能需承担相应责任。然而，扣分依然记在具体驾驶人的驾驶证上。若员工因职务行为违章给公司造成损失，公司可依据内部规章对员工进行处理。
二、处理违章记录的具体步骤
明确实际驾驶人：
- 公司应迅速查明是哪位驾驶员在驾驶过程中发生了违章行为。这可通过审查行车记录、GPS定位数据或直接询问相关驾驶员来实现，确保责任到人。
前往交管部门处理：
- 公司应指派相关人员或通知实际驾驶人携带公司营业执照复印件（加盖公章）、车辆行驶证、驾驶人驾驶证及身份证等证件前往交通管理部门接受处理。
- 处理时，需查询并仔细核对违章信息，确保无误后签署处罚决定书。
缴纳罚款：
- 罚款的承担需根据具体情况协商。若员工在雇佣活动中违章，罚款可能由公司承担；若是司机故意或重大过失导致，司机可能与公司共同承担。这取决于公司内部规章制度和合同约定。
- 缴纳罚款可选择银行柜台、自助终端设备或线上支付（如“交管12123”APP）等方式完成。
三、特殊情况处理
营运车辆：
- 对于大型客车、牵引车等特殊车辆，违章处理可能更严格，需按当地具体要求执行，如进行安全教育、提交额外材料等。
套牌情况：
- 若公司车辆被套牌导致违章，公司应及时向交警部门报案，并提供证据申诉，以便撤销相应违章记录。
四、加强内部管理的重要性
定期培训：
- 公司应定期对员工进行交通安全教育培训，提高员工的交通安全意识，减少违章行为的发生。
建立健全制度：
- 建立健全公司内部车辆管理制度，规范车辆使用、保养、维修等流程，确保车辆状态良好，降低交通事故风险。
绩效考核：
- 考虑将驾驶员的违章行为与绩效考核挂钩，以此激励驾驶员严格遵守交通规则。
总结：公司车辆违章扣分的责任主要归属于实际驾驶人，但公司在特定情况下也需承担相关责任。处理违章时应严格按照法律法规和公司内部规章制度进行，同时加强内部管理，以减少违章行为的发生并降低交通事故风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。