在综合工时制度下，员工休年假的计算方式主要遵循国家的相关法律法规，特别是《职工带薪年休假条例》的相关规定。以下是对综合工时制下年假计算的详细解答：

一、年假的基本规定

根据《职工带薪年休假条例》，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工，只要连续工作1年以上，就有权享受带薪年休假。单位应当保证职工享受这一权益。

二、年假天数的计算

年假的天数根据员工在同一单位连续工作的时间来确定：

1. 工作满1年不满10年：员工有权享受每年5天的带薪年休假。
2. 工作满10年不满20年：员工有权享受每年10天的带薪年休假。
3. 工作满20年：员工有权享受每年15天的带薪年休假。

三、综合工时制下的年假安排

在综合工时制度下，虽然员工的工作时间可能因工作性质或季节、自然条件限制而有所调整，但年假的计算和安排仍需遵循上述基本规定。单位在安排年休假时，可能会考虑到工作的实际运行情况，将年休假细化到小时数，但应确保员工的年假权益不受损害。

四、年假期间的工资待遇

员工在年休假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入。如果用人单位因工作需要不能安排员工休年休假，或者安排的年休假天数少于应休天数，那么用人单位需要按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付员工正常工作期间的工资收入。

五、注意事项

1. 国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期：这意味着在计算年假天数时，不需要考虑国家法定节假日和周末休息日。
2. 单位规章制度：综合工时制下的休息、休假安排，单位应通过民主程序在规章制度中进行明确，以确保员工的知情权和参与权。

综上所述，综合工时制度下的年假计算主要依据员工在同一单位的连续工作时间，并遵循国家的相关法律法规。单位在安排年休假时，应充分考虑员工的权益和工作的实际运行情况，确保年假制度的公平、合理和有效执行。