预包装食品检出致病菌，商铺确实可能会面临处罚。具体来说，处罚的依据和情况如下：

一、处罚依据

根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，食品生产经营者应当保证所生产经营的食品符合食品安全标准。如果预包装食品中检出致病菌，这明显违反了食品安全标准，因此商铺可能会受到相应的行政处罚。

二、处罚情况

1. 行政处罚：

   • 商铺可能会面临警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物等行政处罚。具体处罚力度会根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素来决定。
   • 如果商铺的违法行为情节严重，还可能会被责令停产停业，甚至吊销许可证。

2. 民事责任：

   • 除了行政处罚外，商铺还可能需要承担民事责任。如果消费者因食用检出致病菌的预包装食品而遭受损害，商铺可能需要赔偿消费者的医疗费、误工费、护理费等损失。

3. 刑事责任：

   • 在极端情况下，如果商铺的违法行为构成犯罪，如生产、销售不符合安全标准的食品罪，商铺的相关责任人员还可能会被追究刑事责任。

三、具体案例与法律分析

• 案例一：某商铺销售的预包装食品中检出大肠杆菌超标。监管部门依法对该商铺进行了处罚，包括罚款和没收违法所得。同时，该商铺还积极与消费者沟通，赔偿了因食用问题食品而遭受损害的消费者的损失。
• 法律分析：在此案例中，商铺因销售不符合食品安全标准的食品而受到了行政处罚，并承担了相应的民事责任。这体现了法律对食品安全问题的严格监管和对消费者权益的保护。

四、建议与措施

• 加强食品安全管理：商铺应建立健全的食品安全管理制度，确保所销售的食品符合食品安全标准。
• 定期自查与送检：商铺应定期对所销售的食品进行自查和送检，及时发现并处理问题食品。
• 积极应对监管与投诉：一旦发现食品存在问题或接到消费者的投诉，商铺应积极配合监管部门的调查和处理工作，及时采取措施防止问题扩大。

如有任何关于食品安全法律问题的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。