预包装食品在门店被微生物抽检不合格，处罚对象需根据具体情况来确定，一般可能涉及生产者、销售者或两者均被处罚。以下从不同角度进行分析：
生产者角度
法律责任基础：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，食品生产者对其生产的食品质量负有直接责任。如果预包装食品在生产过程中因微生物超标等质量问题导致抽检不合格，生产者将承担主要责任。
处罚措施：
- 监管部门可能会对生产者进行行政处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得、责令停产停业等。具体处罚力度会根据违法行为的严重程度、造成的后果以及生产者的主观过错等因素综合考量。
销售者角度
法律责任基础：
- 销售者对其销售的食品质量也负有一定责任。如果销售者未能严格履行进货查验义务，导致微生物超标的预包装食品流入市场，销售者同样需要承担相应的法律责任。
处罚措施：
- 对于销售者的处罚，可能包括警告、罚款、没收违法所得等。如果销售者明知食品不符合安全标准而仍然销售，情节严重的，还可能面临更严厉的处罚，甚至可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
两者均被处罚的情况
共同责任：
- 在某些情况下，生产者和销售者可能因共同过错导致预包装食品微生物超标。例如，生产者生产了不合格产品，而销售者未履行进货查验义务，导致问题产品流入市场。此时，两者均可能受到处罚。
处罚原则：
- 监管部门在处罚时，会遵循“过罚相当”的原则，根据生产者和销售者的过错程度、造成的后果以及各自在违法行为中的作用等因素，合理确定处罚力度。
建议与后续行动
- 对于生产者：应严格把控生产过程中的卫生条件，确保产品符合食品安全标准。同时，建立完善的质量管理体系，对生产过程进行全程监控和记录。
- 对于销售者：应严格履行进货查验义务，对供应商的资质和产品质量进行严格审核。在销售过程中，应定期对库存食品进行检查，确保销售的产品符合安全标准。
- 如果面临处罚：无论是生产者还是销售者，都应积极配合监管部门的调查和处理工作。同时，可以寻求专业律师的帮助，了解自身的法律权利和义务，制定合理的应对策略。
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