结论：村委会的工程项目可以由村集体经济组织合作社承包，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。

分析如下：

1. 法律主体资格：

   • 村集体经济组织合作社作为依法登记设立的经济组织，具有独立的民事主体资格，可以从事与其经营范围相符的民事活动。
   • 若合作社具备相应的施工资质和条件，理论上可以承包村委会的工程项目。

2. 合规性要求：

   • 资质要求：合作社需具备承接该工程项目所需的资质，如建筑施工资质等。若不具备相应资质，则不得承包。
   • 程序要求：工程项目的承包应遵循公开、公平、公正的原则，通过招标、投标等合法程序确定承包方。若直接指定合作社承包，可能涉嫌违规操作。
   • 合同要求：双方应签订书面合同，明确工程范围、工期、质量、价款等关键条款，以保障双方权益。

3. 利益冲突与回避：

   • 若合作社与村委会存在利益关联（如合作社成员同时为村委会成员），需特别注意利益冲突问题，避免在承包过程中出现不公平、不透明的行为。
   • 在这种情况下，建议引入第三方监督机制，确保工程项目的承包和实施过程合法合规。

4. 特殊情形下的限制：

   • 若工程项目涉及国家安全、公共利益或需特殊资质（如桥梁、隧道等），则对承包方的资质和条件要求更为严格，合作社需确保完全符合相关规定。

建议：

• 在决定由村集体经济组织合作社承包前，村委会应全面审查合作社的资质、信誉和施工能力。
• 遵循法定程序，确保承包过程的公开、公平、公正。
• 签订详细、明确的书面合同，以规避潜在的法律风险。
• 如有需要，可咨询专业律师或相关部门，以确保整个过程的合法性和合规性。

如有其他法律问题，欢迎直接向我咨询。