核心结论：在提交涉密文件给甲方单位而对方未签收时，应首先确认未签收的原因，并根据不同情况采取相应措施，包括再次沟通确认、留存证据、考虑法律途径解决以及加强内部管理。

具体分析与建议：

1. 确认未签收原因：

   • 首先，应与甲方单位进行沟通，了解未签收的具体原因。可能是甲方单位内部流程问题、接收人员疏忽，或是存在其他特殊情况。
   • 通过电话、邮件或书面函件等方式，明确询问甲方单位未签收的原因，并要求其给出明确的回复和签收时间。

2. 再次沟通并确认签收：

   • 在了解原因后，如果是因为甲方单位内部流程或人员疏忽导致的未签收，可以与其协商确定一个合理的签收时间，并再次提交文件。
   • 在再次提交时，可以要求甲方单位出具书面的签收证明，以确保文件的传递和接收有明确的记录。

3. 留存证据并准备应对措施：

   • 如果甲方单位无正当理由拒绝签收或长期拖延签收，应留存好所有与文件提交相关的证据，包括提交记录、沟通记录等。
   • 根据合同条款或相关法律法规，考虑采取法律途径解决，如发送律师函、提起诉讼等，以维护自身权益。

4. 考虑法律途径的适用性：

   • 在决定采取法律途径前，应仔细评估案件的胜诉可能性、成本效益以及可能对双方关系产生的影响。
   • 如果合同中有明确的违约责任条款，且甲方单位的未签收行为构成违约，那么采取法律途径可能是一个有效的解决方案。

5. 加强内部管理和风险控制：

   • 对于未来类似的情况，建议加强内部管理，完善文件提交和签收的流程，确保每一步都有明确的记录和责任人。
   • 同时，可以考虑与甲方单位在合同中明确约定文件提交和签收的具体要求、违约责任等条款，以降低风险。

总结：在提交涉密文件给甲方单位而对方未签收时，应首先确认未签收的原因，并根据不同情况采取相应措施。在整个过程中，应留存好相关证据，并考虑法律途径的适用性。同时，加强内部管理和风险控制也是预防类似问题再次发生的重要措施。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。