在行政诉讼中，判断县政府制定的文件是否有效，关键在于该文件是否合法且符合上位法的规定，而非单纯依据其制定主体或针对对象（如国企职工缴纳新型农村合作医疗）来判断。以下从几个角度进行详细分析：

1. 文件的合法性审查

• 制定权限：首先，需要确认县政府是否有权制定此类文件。根据《立法法》及相关地方性法规，县级政府通常有权制定规范性文件，但这些文件不得超越其法定职权范围，也不得与上位法相抵触。
• 内容合法性：文件内容必须合法，即不得违反法律、行政法规、地方性法规的强制性规定。例如，如果文件规定国企职工必须缴纳新型农村合作医疗，而这一规定与上位法（如《社会保险法》）中关于社会保险制度的规定相冲突，则该文件内容可能无效。
• 程序合法性：文件的制定过程也需符合法定程序，包括公开征求意见、合法性审查、集体讨论决定等环节。程序违法同样可能导致文件无效。

2. 文件与上位法的冲突

• 上位法优先：在法律体系中，上位法（如法律、行政法规）优于下位法（如地方性法规、规章）。如果县政府制定的文件与上位法相冲突，那么该文件在相关冲突部分将被视为无效。
• 具体冲突点：针对国企职工缴纳新型农村合作医疗的问题，需要具体分析该文件是否与《社会保险法》等相关法律中关于社会保险制度、参保对象、缴费标准等规定相冲突。如果冲突，则文件无效。

3. 行政诉讼中的审查标准

• 合法性审查原则：在行政诉讼中，法院主要审查行政行为的合法性，包括行政行为的主体、权限、内容、程序等方面。对于县政府制定的文件，法院同样会进行合法性审查。
• 证据与理由：如果原告（如国企职工）认为县政府制定的文件无效，需要提供充分的证据和理由来支持其主张。法院将根据双方提供的证据和理由，结合相关法律法规，作出判决。

4. 可能的法律后果

• 文件被撤销或确认无效：如果法院认定县政府制定的文件违法或无效，可能会判决撤销该文件或确认其无效。这将导致该文件在相关范围内失去法律效力。
• 行政赔偿：如果因县政府制定的违法文件给原告造成了损失，原告还有权要求行政赔偿。

建议

• 核实文件内容：首先，需要核实县政府制定的文件具体内容，包括其制定依据、目的、适用范围等。
• 对比上位法：将文件内容与上位法进行对比，分析是否存在冲突点。
• 寻求法律帮助：如果认为文件违法或无效，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律途径和救济措施。

结论：县政府制定的关于国企职工缴纳新型农村合作医疗的文件是否有效，取决于其是否合法且符合上位法的规定。如果文件存在违法或无效的情形，在行政诉讼中可能会被法院撤销或确认无效。因此，在面临此类问题时，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。