用人单位扣押劳动者的职业资格证书是不合法的。这一结论主要基于《劳动合同法》的相关规定，以下从法律条款、法律后果及劳动者应对措施三个角度进行详细分析：
一、法律条款明确禁止扣押证件
根据《劳动合同法》第九条：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。”这里的“其他证件”明确包括学历证书、毕业证书、职业资格证书等。因此，用人单位扣押劳动者的职业资格证书，直接违反了该法律条款。
二、扣押证件的法律后果
若用人单位违反规定扣押劳动者证件，将面临劳动行政部门的处罚。具体来说，劳动行政部门会责令用人单位限期退还扣押的证件，并可能给予相应的行政处罚。这一规定旨在保护劳动者的合法权益，防止用人单位利用扣押证件的方式限制劳动者的流动自由或进行其他不正当行为。
三、劳动者应对措施
与用人单位协商：首先，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，要求其退还扣押的职业资格证书。在协商过程中，劳动者可以明确指出用人单位的行为违反了《劳动合同法》的相关规定，并要求其立即改正。
向劳动行政部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动行政部门投诉。劳动行政部门在接到投诉后，会进行调查核实，并依法对用人单位进行处罚，同时责令其退还扣押的证件。
申请劳动仲裁或提起诉讼：在极端情况下，如果用人单位拒绝退还扣押的证件，并且劳动行政部门的处理未能满足劳动者的诉求，劳动者还可以考虑申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：
用人单位扣押劳动者的职业资格证书是不合法的行为，违反了《劳动合同法》的明确规定。劳动者在面对这种情况时，应首先与用人单位进行协商，要求其退还扣押的证件。如果协商无果，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。如果您在劳动纠纷方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。