结论：二手车商因大本未到而扣减原定价格的行为，其合法性需视具体情况而定，但通常情况下，若合同中无明确约定，则此行为可能不合法。
一、合同约定是关键
若合同中有明确约定：
- 如果您与二手车商签订的买卖合同中明确规定了车辆过户手续（包括大本交付）的时间、条件以及未按时履行的违约责任，那么二手车商扣减价格的行为是否合法，将直接取决于合同的具体条款。
- 若合同中约定了因您原因导致过户手续延迟，二手车商有权扣减一定比例的价格作为补偿，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么二手车商的行为可能是合法的。
若合同中无明确约定：
- 如果合同中没有对过户手续延迟或大本未到的情况进行明确约定，那么二手车商单方面扣减价格的行为可能缺乏合同依据。
- 在此情况下，二手车商的行为可能构成违约，您有权要求其按照原定价格支付购车款，并可能要求其承担因违约给您造成的损失。
二、法律依据与原则
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。如果一方未按照约定履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。
- 在车辆买卖合同中，交付车辆、支付价款以及办理过户手续是双方的主要义务。如果因一方原因导致过户手续延迟，且合同中未对此进行明确约定，那么另一方通常无权单方面扣减价格。
三、建议与措施
核查合同条款：
- 首先，您应仔细核查与二手车商签订的买卖合同，特别是关于过户手续、价格支付以及违约责任等方面的条款。
与二手车商协商：
- 如果合同中无明确约定或约定不明确，您可以尝试与二手车商进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，且您认为二手车商的行为侵犯了您的合法权益，您可以考虑寻求法律帮助，如咨询专业律师或向相关机构投诉。
保留证据：
- 在整个过程中，您应保留好与二手车商的沟通记录、合同文本以及其他相关证据，以备不时之需。
举例说明：假设您与二手车商签订的合同中并未明确约定大本未到时的价格处理方式，那么二手车商单方面扣减价格的行为就可能缺乏合同依据。在此情况下，您可以要求二手车商按照原定价格支付购车款，并可能要求其承担因违约给您造成的额外损失（如交通费、误工费等）。
最后，如果您在处理此类纠纷时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更为详细和专业的法律建议。