针对您提出的“离婚协议房产归女方，3年后男方不配合过户，起诉法院怎么判”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，如果离婚协议中已经明确约定房产归女方所有，那么这一约定对男女双方都具有法律约束力。男方有义务配合女方办理房产过户手续，这是其应尽的法律责任。

若男方在离婚后3年仍不配合过户，女方可以采取以下法律措施来维护自己的权益：

1. 向法院提起诉讼： 女方可以凭借离婚协议等相关法律文件，向当地法院提起诉讼，要求男方履行协助过户的义务。此诉讼属于给付之诉，即要求男方完成特定的行为（配合过户）。

2. 法院判决与强制执行： 法院在受理案件后，会进行审理并作出判决。如果判决男方需要配合过户，但男方仍拒不执行，女方可以申请法院强制执行。在执行过程中，法院有权直接裁定将涉案房产的所有权转让给女方，并通知相关房产登记机构协助办理过户手续。

3. 男方拒不执行的后果： 如果男方对法院的判决仍拒不执行，且情节严重，可能构成拒不执行判决、裁定罪，会被追究刑事责任。这是法律对拒不履行法院判决行为的严厉制裁。

4. 证据保存的重要性： 在整个过程中，女方需要注意留存好离婚协议、购房凭证等相关证据。这些证据是维护女方权益、确保房屋顺利归其所有的关键。

综上所述，如果离婚协议中明确约定房产归女方所有，但男方不配合过户，女方可以通过向法院提起诉讼、申请强制执行等法律手段来维护自己的权益。法院在审理此类案件时，会依据相关法律法规和离婚协议的约定进行判决，并确保判决得到有效执行。因此，您无需过于担心，只要依法行事，您的权益将得到有力保障。