可以起诉，但需分情况讨论，具体如下：

1. 若离婚协议或判决中明确房产归属及过户义务
   若双方在离婚协议或法院判决中明确约定房产归女方所有，且女方有配合过户的义务（例如约定“男方协助女方办理过户手续”），但女方超过三年仍未履行，则男方有权以“合同纠纷”或“离婚后财产纠纷”为由向法院起诉，要求女方履行过户义务或赔偿损失。
   法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。即使超过三年，只要男方能证明女方未履行义务且自身曾催告（如短信、邮件等），法院仍可能支持诉求。

2. 若离婚协议或判决未明确过户义务，但房产登记在双方名下
   若房产仍登记在双方名下，且离婚协议或判决未明确过户时间或义务，女方拒绝配合过户可能构成“无权处分”。此时男方需先通过协商或诉讼确认房产归属（如要求法院判决房产归女方所有，并明确女方需配合过户），再凭生效判决要求女方履行。
   关键点：若男方未在离婚后及时主张权利，可能因“诉讼时效”问题面临风险。但根据《民法典》第196条，不动产物权请求权不适用诉讼时效（即要求确认房产归属的请求不受三年限制），但要求女方履行过户义务（属于债权请求权）可能受三年诉讼时效限制。因此，若男方能证明在三年内曾催告女方过户（如保留催告记录），则诉讼时效可能中断并重新计算。

3. 若房产已通过法院强制执行程序处理
   若离婚判决或调解书中已明确房产归属及过户义务，且男方曾申请法院强制执行但女方仍不配合，此时男方需注意执行时效问题。根据《民事诉讼法》第246条，申请执行的期间为二年，但若男方在执行过程中曾与女方达成和解协议或法院裁定中止执行，则执行时效可能中断并重新计算。若超过执行时效且无中断事由，法院可能不再受理强制执行申请，但男方仍可另行起诉要求女方履行过户义务或赔偿损失。

建议行动步骤：

1. 收集离婚协议、判决书、房产证等证据，证明房产归属及女方过户义务；
   
2. 整理与女方的沟通记录（如短信、邮件、录音等），证明曾催告女方履行义务；
   
3. 尽快向法院起诉，避免因诉讼时效问题导致权利受损；
   
4. 若房产仍登记在双方名下，可同时要求法院确认房产归属并判决女方配合过户。
   

温馨提示：法律问题需结合具体证据和当地司法实践判断，如有疑问可直接向我咨询，我会根据你的情况提供更详细的解答。