若工程司法鉴定结果低于市场价，可按以下方式处理：

1. 核查鉴定程序合法性
   首先需确认司法鉴定机构是否具备合法资质，鉴定人员是否具备相应专业资格，以及鉴定过程是否严格遵循法定程序（如现场勘验、数据采集、计算方法等）。若程序存在违法或瑕疵（如未通知当事人到场、数据来源不合法），可向法院申请重新鉴定或补充鉴定。

2. 审查鉴定依据合理性
   司法鉴定结论需以客观证据为基础，如市场调查数据、行业定额标准、政府指导价等。若鉴定机构采用的数据明显偏离市场实际（如使用过时价格、忽略地区差异），可要求鉴定机构出具书面说明，或通过专家辅助人提出异议，推动法院对鉴定结论进行实质审查。

3. 申请补充鉴定或重新鉴定
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，若当事人对鉴定结论有异议，可在举证期限内申请补充鉴定（如补充数据、修正计算方法）或重新鉴定（如鉴定机构资质存疑、程序严重违法）。法院将根据异议理由决定是否准许，必要时可委托其他鉴定机构进行复核。

4. 通过质证程序抗辩
   在庭审中，可通过质证环节对鉴定结论提出反驳，例如：

• 指出鉴定结论与市场价差异的具体项目及金额；
  
• 提交同类工程的市场价证据（如合同、结算单、行业报告）；
  
• 申请专家证人出庭，对鉴定方法、数据来源进行专业评析。
  若质证意见被采纳，法院可能调整鉴定结论或直接采信市场价证据。

1. 协商或调解解决
   若争议金额不大或诉讼成本较高，可尝试与对方协商，以市场价为基础达成和解；或通过法院调解程序，在鉴定结论与市场价之间寻求折中方案，降低诉讼风险。

提示：工程司法鉴定结论的效力并非绝对，其合法性、合理性需经法院审查。若发现鉴定问题，应及时通过法律程序主张权利，避免因被动接受不利结论而遭受损失。如有具体案件细节，可进一步向我说明，我将结合实际情况提供针对性建议。