关于实习期公司损失由谁赔偿的问题，结论前置如下：
若实习生故意或因重大过失致使公司受损，需承担赔偿责任。根据《民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。实习生在实习期间，若因故意或重大过失导致公司遭受损失，如输错关键数据、违规操作等，应依法承担相应的赔偿责任。
若公司存在管理不善、指导失误等情况，自身也需承担部分责任。实习生在公司实习期间，通常是在公司的指导和监督下进行工作。如果公司存在管理不善、指导失误等问题，导致实习生在工作中出现错误或疏忽，进而造成公司损失，那么公司自身也应承担相应的部分责任。
若实习协议中有责任承担约定且不违法，应按协议执行。在签订实习协议时，双方可以就实习期间可能出现的损失责任承担问题进行明确约定。如果协议中有相关约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在出现损失时，应按照协议中的约定来执行。
详细分析如下：
实习生责任：实习生在实习期间，虽然可能未与公司建立正式的劳动关系，但仍然需要遵守公司的规章制度和操作流程。如果因故意或重大过失导致公司遭受损失，如故意泄露公司机密、违规操作导致设备损坏等，应依法承担赔偿责任。这种责任是基于《民法典》中的侵权责任原则，即行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
公司责任：公司在实习期间对实习生负有指导和监督的义务。如果公司存在管理不善、指导失误等问题，如未提供必要的培训、未明确工作要求和流程等，导致实习生在工作中出现错误或疏忽，进而造成公司损失，那么公司自身也应承担相应的部分责任。这种责任是基于公司对实习生的管理和指导义务，以及可能存在的过错。
实习协议约定：在签订实习协议时，双方可以就实习期间可能出现的损失责任承担问题进行明确约定。这种约定可以是关于赔偿范围的确定、赔偿方式的约定等。如果协议中有相关约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在出现损失时，应按照协议中的约定来执行。这有助于明确双方的权利和义务，减少争议和纠纷的发生。
建议与指导：
对于实习生而言，在实习期间应严格遵守公司的规章制度和操作流程，尽职尽责地完成工作任务。如果因个人原因导致公司遭受损失，应积极承担责任并寻求解决方案。
对于公司而言，应加强对实习生的管理和指导，提供必要的培训和指导，明确工作要求和流程。同时，在签订实习协议时，应就可能出现的损失责任承担问题进行明确约定，以减少争议和纠纷的发生。
如果双方就赔偿责任产生争议，可以通过协商、调解或诉讼等方式来解决。在解决争议时，应依据相关法律法规和实习协议的约定来进行。
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