针对您提出的“公司制度罚款超过基本工资违法吗”这一问题，以下是我的详细解答：
结论前置：在大多数情况下，公司制度中规定的罚款如果超过员工的基本工资（或当月工资的20%，且扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准），是违法的。但具体是否违法，还需根据公司的罚款依据、程序以及罚款金额是否合理等因素进行综合判断。
法律依据与分析
公司行政处罚权的限制：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚权由具有行政处罚权的行政机关实施。公司作为非行政机关，并不具备法律授予的行政处罚权，因此无权对员工进行罚款作为行政处罚手段。
员工赔偿经济损失的合法途径：
- 《工资支付暂行规定》第十六条明确规定，若劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，并从劳动者工资中扣除。但扣除部分有严格限制，即不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
公司罚款的合法性与合理性：
- 合法依据与程序：公司若要对员工进行罚款，必须有明确的规章制度作为依据，且该规章制度需经过合法程序制定（如职工代表大会讨论通过）并公示，确保员工知悉并同意。
- 罚款金额与合理性：即便存在合法依据，罚款金额也需合理，不得超过法定上限（当月工资的20%），且不能影响员工的最低生活费用。若罚款金额超过这一限制，则属于违法行为。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如员工严重违反公司规定或造成重大经济损失，公司可能依据劳动合同或其他协议采取更严厉的处罚措施。但即便如此，公司也需遵循法律法规的底线，确保不侵犯员工的合法权益。
劳动者权益保护建议
- 与公司协商：若劳动者认为公司罚款行为违法，可首先与公司协商解决，表达自己的异议和诉求。
- 向劳动监察部门投诉：协商不成时，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：若投诉无果，劳动者可向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
- 寻求专业律师帮助：在必要时，劳动者可寻求专业律师的帮助，进行维权诉讼。
总结
公司制度中规定的罚款如果超过员工的基本工资（或当月工资的20%，且扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准），在大多数情况下是违法的。劳动者在面对公司违法罚款时，应依法维护自己的权益，通过协商、投诉、仲裁或诉讼等方式寻求解决途径。