针对您提出的“党员领导干部检察院不起诉怎么办”的问题，这是一个涉及司法程序与党纪政务处分衔接的重要问题。我将结合相关法律法规和实际操作，为您详细解答。

首先，我们需要明确“不起诉”的含义。不起诉是指人民检察院对案件进行审查后，认为不具备起诉条件或没有必要起诉，依法不将案件移送人民法院进行审判而终止诉讼的特别程序。对于党员领导干部而言，如果被检察院作出不起诉决定，这并不意味着他们可以完全免除责任，因为还可能涉及党纪政务处分。

接下来，我们根据不起诉的不同类型来具体分析：

1. 法定不起诉：

   • 当检察院认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任时，会作出法定不起诉决定。
   • 对于此类情况，纪检监察机关应区分不同情形对受到不起诉的党员公职人员作出处理。例如，如果是因为犯罪嫌疑人没有犯罪事实或者情节显著轻微、危害不大而不起诉的，纪检监察机关可以直接根据不起诉决定书中认定的事实依规依纪依法进行研判处置。
   • 如果存在其他违纪违法行为的，则应进行初核或立案审查调查工作，一并作出处理。

2. 酌定不起诉：

   • 酌定不起诉是指检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，依法作出的不起诉决定。
   • 对于此类不起诉案件，纪检监察机关在收到检察院转来的不起诉决定书后，可直接根据检察院已认定的相关事实进行处分，一般不需办理立案手续。
   • 处分时，应以不起诉决定书的生效时间确定具体的纪法适用条款，并按照从旧兼从轻原则进行党纪政务处分。

3. 存疑不起诉：

   • 存疑不起诉是指检察院对于经过补充侦查（调查）的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件而作出的不起诉决定。
   • 对于此类不起诉案件，虽然不存在司法机关已认定的事实、性质和情节，但并不等同于没有违纪违法行为。
   • 纪检监察机关应按照一般问题线索进行研判处置，必要时开展立案审查调查工作。

在实际操作中，纪检监察机关在收到检察院的不起诉决定书后，会根据管理权限由相关监督检查部门对被不起诉人是党员公职人员的直接研提处理意见，按程序移送审理，报经审批后作出相应处理。这些处理可能包括撤销党内职务、留党察看、开除党籍等党纪处分，以及撤职、开除等政务处分。

最后，需要强调的是，对于党员领导干部而言，即使被检察院作出不起诉决定，也不能掉以轻心。因为党纪政务处分与刑事处罚是分开的，不起诉并不意味着可以完全免除党纪政务责任。因此，建议相关人员在面对此类情况时，积极配合纪检监察机关的调查工作，如实陈述事实，争取从轻或减轻处分。