公司可以要求法院判决被告协助办理企业变更登记。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国公司法》相关规定：虽然《公司法》中并未直接规定公司可以要求法院判决被告协助办理企业变更登记，但公司法的相关规定精神支持公司通过法律途径维护其合法权益，包括但不限于变更登记等事项。
2. 《中华人民共和国民事诉讼法》相关规定：根据该法，公司作为民事诉讼的主体，有权向人民法院提起诉讼，请求法院判决被告履行特定的法律义务，如协助办理企业变更登记。

二. 实际操作

1. 提起诉讼：公司需首先向法院提起诉讼，明确诉讼请求为要求被告协助办理企业变更登记。
2. 法院审理：法院将依法审理该案件，根据双方提供的证据和法律规定，判断被告是否有义务协助办理企业变更登记。
3. 判决与执行：若法院认定被告有义务协助办理企业变更登记，将作出相应的判决。判决生效后，公司可申请强制执行，要求被告履行判决确定的义务。

三. 相关案例

• 例如，在某公司股权转让纠纷中，公司起诉要求原股东协助办理股权变更登记。法院经审理后认为，原股东有义务协助办理相关变更登记手续，因此判决支持公司的诉讼请求。

我建议：公司在要求被告协助办理企业变更登记时，应首先尝试通过协商等友好方式解决。若协商无果，可依法向法院提起诉讼，以维护公司的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。